在农用地上进行畜牧业养殖并建房是否违法，需根据土地性质、用途及审批手续等多个因素综合判断。以下是对此问题的详细分析：

1. 土地性质与用途

   • 永久基本农田：依据《中华人民共和国土地管理法》第三十五条，永久基本农田严禁擅自占用或改变用途。因此，在永久基本农田上建房或进行畜牧业养殖均属违法行为。
   • 设施农用地：设施农用地可用于建设与养殖生产直接关联的设施，如养殖圈舍等。但需依法依规办理设施农用地备案手续，否则可能构成违法。
   • 一般农田或农村土地：在不破坏耕地耕作层、不改变土地用途且符合《畜牧法》规定条件的前提下，一般农田或农村土地可用于建养殖场。但建房仍需遵守宅基地的相关规定，且通常需办理农用地转用审批手续。
   • 农村集体经营性建设用地：在符合规划和用途管制的前提下，可通过出让、租赁等方式用于养殖产业建设。但需取得使用权并办理相关建设审批手续。

2. 审批流程与手续

   • 申请与审批：无论在哪种土地上建房或进行畜牧业养殖，均需向当地自然资源和规划部门以及农业农村部门提交申请，明确建设的用途、规模、选址等详情。
   • 审核与规划符合性：相关部门将审核申请内容，确认其是否符合土地利用总体规划、畜牧业发展规划等政策法规要求。
   • 办理用地与建设手续：涉及农用地转用的，需依法办理农用地转用审批手续；使用集体土地的，还需与农村集体经济组织签订用地协议。随后，根据地方规定，办理建设工程规划许可证、施工许可证等必要的建设许可手续。

3. 违法后果与处理

   • 违法后果：非法占用土地建房或进行畜牧业养殖，将面临严肃处理。特别是恶意强占、非法出售等行为，将从重从严惩处。
   • 处理方式：如非法占用土地符合土地利用总体规划，将没收新建建筑物及其他设施，并可并处罚金。对直接责任人员，将依法给予处分；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

4. 实际操作建议

   • 了解法规：在进行建房或畜牧业养殖前，务必全面了解并遵守国家关于土地利用的法律法规，特别是关于农用地保护、设施农用地管理等方面的规定。
   • 办理手续：如需占用耕地或农用地，应依法申请农用地转用审批手续，并确保所有审批文件齐全有效。同时，根据建设用途办理相应的建设许可手续。
   • 合理利用：在建造过程中，应合理利用土地资源，避免浪费和破坏。同时，注重环境保护和可持续发展，确保养殖活动不对周边环境造成不良影响。

总结来说，农用地上进行畜牧业养殖并建房的合法性取决于土地性质、用途及审批手续的完备性。在进行此类活动前，务必确保符合相关法律法规要求，并办理合法的审批手续，以避免不必要的法律风险和经济损失。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。