结论前置：公司因员工违反劳动纪律罚款扣工资，多数情况下是违法的。公司并无法律赋予的罚款权，但可以通过合法的规章制度对职工的违规行为进行处理，且处理措施需符合法律法规的严格规定。

详细分析：

1. 公司无罚款权：

   • 罚款属于行政处罚的范畴，企业并非行政主体，因此不具备罚款的权力。如果公司规章制度中有罚款规定，且未经合法程序制定或公示，那么这样的规定往往是没有法律效力的。

2. 合法扣除的情形与限制：

   • 根据《工资支付暂行规定》第十五条，用人单位不得克扣劳动者工资，仅在以下情况可以代扣劳动者工资：用人单位代扣代缴的个人所得税；用人单位代扣代缴的应由劳动者个人负担的各项社会保险费用；法院判决、裁定中要求代扣的抚养费、赡养费；法律、法规规定可以从劳动者工资中扣除的其他费用。这些情况并不包括因违反劳动纪律而进行的罚款。
   • 在极少数地区，如果经过民主程序制定且公示的规章制度中有明确关于违纪罚款的规定，同时罚款金额不超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不低于当地月最低工资标准，这种罚款可能被认定有效。但这只是特殊地区的规定，并非普遍适用，且需严格满足上述条件。

3. 罚款上限与最低工资保障：

   • 即便存在上述特殊规定，公司罚款的数额也不得超过员工当月工资的20%。这是为了保障员工的合法权益，防止公司滥用罚款权力。
   • 罚款后员工的剩余工资必须高于或等于当地月最低工资标准。如果低于此标准，公司应按照最低工资标准支付员工工资，以确保员工的基本生活需求得到满足。

4. 合法处理违规行为的途径：

   • 企业可以通过合法的规章制度来对职工的违规行为进行处理，如扣除绩效奖金（需合同或规章制度中有明确规定）、进行警告或记过等纪律处分，但直接罚款扣工资（非上述特殊地区及条件）通常是不合法的。
   • 这些处理措施必须事先向职工公示或告知，并且处理的幅度应与职工的违规行为相适应，不能随意加重处罚。

5. 职工权益保护：

   • 如果公司未经合法程序对职工进行罚款，职工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求企业返还罚款并给予相应赔偿。
   • 职工在维护自己合法权益时，应确保了解相关法律法规和当地的具体规定，收集好相关证据材料，如工资条、劳动合同、规章制度等，以便更有效地进行维权。

举例说明： 假设某员工因违反公司劳动纪律被罚款500元，而该员工当月工资为3000元，扣除罚款后剩余工资为2500元。若当地月最低工资标准为2000元，则该罚款虽然超过了员工当月工资的20%（即600元的20%为120元，但此处以实际罚款500元与工资比例说明，实际应比较的是扣除后是否低于最低工资），但关键在于公司是否有合法依据进行罚款，且扣除后工资是否仍不低于最低工资标准（此例中2500元高于2000元，但罚款本身可能仍因无合法依据而违法）。若公司无合法罚款依据，则员工有权维权。

建议： 公司在管理职工时应依法依规进行，避免因违法罚款而引发劳动纠纷。同时，职工也应了解自己的合法权益和维权途径，以便在必要时采取适当的行动来保护自己。如果您或您身边的人遇到此类问题，可以直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议。