公司对员工违反纪律进行罚款，在一般情况下是不合法的。以下是详细分析：
一. 罚款合法性的判断依据
公司规章制度的存在与否：首先，要看公司是否制定了相关的规章制度。如果公司没有制定相应的规章制度，那么对员工实施罚款就缺乏法律依据，属于非法行为。
制度本身的合法性：即使公司制定了规章制度，也需要审视这些制度本身是否合法合规。公司并非行政执法机关，没有罚款的法定职权。通常所说的“罚款”，实际上是对员工薪资的扣除。
二. 相关法律依据
《行政处罚法》的规定：根据《行政处罚法》，劳动法范畴内的用人单位并不具备行政执法机关的身份，因此无权对员工的违法行为实施罚款。这意味着，公司不能对员工进行罚款作为处罚措施。
《工资支付暂行规定》第十六条：该条规定指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。但这里的赔偿并非罚款，而是基于经济损失的赔偿。且赔偿的扣除有明确的限制，即每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后的剩余工资部分不得低于当地月最低工资标准。
三. 总结
综上所述，公司对员工违反纪律进行罚款，在一般情况下是不合法的。公司应该通过其他合法合规的方式来管理员工，如制定明确的规章制度、进行教育培训、采取纪律处分等。如果员工确实给公司造成了经济损失，公司可以依据劳动合同的约定要求其赔偿，但这不是罚款，而是基于经济损失的合理赔偿。
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