公司对违纪员工处罚扣款确实有相关的法律规定，但并非所有违纪行为都可以直接扣款，且扣款需遵循一定的原则和限制。以下从不同角度为你详细分析：
一、法律依据与原则
《工资支付暂行规定》：该规定明确指出，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这一规定为用人单位对违纪员工进行经济处罚提供了法律依据，但同时也限制了处罚的额度和方式。
合法性与合理性原则：用人单位对员工的处罚扣款必须基于合法、合理的规章制度。这些规章制度应当经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知。如果规章制度未经民主程序制定或未向劳动者公示，那么该规章制度对劳动者不具有约束力，用人单位不能据此对员工进行处罚扣款。
二、具体情形分析
轻微违纪行为：对于轻微违纪行为，如迟到、早退等，用人单位通常不会直接扣款，而是采取警告、记过等纪律处分措施。如果用人单位的规章制度中明确规定了轻微违纪行为的扣款标准，且该标准符合法律法规的规定，那么用人单位可以按照规章制度进行扣款。但需要注意的是，扣款金额应当合理，不能过分高于员工违纪行为所造成的损失。
严重违纪行为：对于严重违纪行为，如旷工、盗窃公司财物等，用人单位有权根据规章制度对员工进行处罚扣款。但同样需要遵循合法、合理的原则，且扣款金额不得超过法律法规规定的上限。此外，对于严重违纪行为，用人单位还有权解除劳动合同，并无需支付经济补偿金。
造成经济损失的违纪行为：如果员工的违纪行为给用人单位造成了经济损失，用人单位有权要求员工赔偿经济损失。赔偿方式可以从员工的工资中扣除，但同样需要遵循每月扣除部分不得超过员工当月工资20%的规定。如果经济损失较大，用人单位还可以通过法律途径追究员工的赔偿责任。
三、法律建议
完善规章制度：用人单位应当制定完善、合法的规章制度，明确员工的违纪行为和相应的处罚措施。规章制度应当经过民主程序制定，并向劳动者公示或告知，以确保其合法性和有效性。
合理扣款：在对违纪员工进行处罚扣款时，用人单位应当遵循合法、合理的原则，确保扣款金额不超过法律法规规定的上限，且不得过分高于员工违纪行为所造成的损失。
保留证据：用人单位在处罚违纪员工时，应当保留相关证据，如违纪行为的记录、经济损失的计算依据等，以备在劳动争议中作为证据使用。
及时咨询：如果你作为用人单位或员工，在劳动争议中遇到相关问题，建议及时向我咨询，以便更好地维护自己的合法权益。
总结来说，公司对违纪员工处罚扣款需遵循法律法规的规定和合法、合理的原则。用人单位应当制定完善的规章制度，明确处罚措施，并在处罚时保留相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我提问。