企业员工违反工作纪律，企业不一定能直接扣工资，这取决于具体情况和企业的规章制度。以下从不同角度为你详细分析：
一、企业规章制度有明确规定且合法合理的情况
规章制度合法性：根据《劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。企业制定的规章制度，如果内容合法、程序正当（如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并进行公示或者告知劳动者），那么该规章制度对劳动者具有约束力。
扣工资的合法性：如果规章制度中明确规定了员工违反工作纪律的具体情形以及相应的扣工资标准，且该标准不违反法律法规的强制性规定（如扣工资后员工工资不得低于当地最低工资标准），那么企业可以依据规章制度对员工进行扣工资处理。例如，员工迟到早退，规章制度规定每次迟到早退扣一定金额的工资，且该金额合理，不违反法律法规，那么企业可以据此扣工资。
二、企业规章制度未明确规定或规定不合法的情况
规章制度未规定：如果企业的规章制度中没有明确规定员工违反工作纪律可以扣工资，或者规定不明确，那么企业不能随意扣工资。此时，企业应当通过与员工协商、教育等方式解决员工违反工作纪律的问题，而不是直接扣工资。
规章制度不合法：如果企业的规章制度内容违法（如规定员工违反工作纪律就扣除全部工资），或者程序不合法（如未经过职工代表大会或者全体职工讨论，未进行公示或者告知劳动者），那么该规章制度对劳动者不具有约束力。企业不能依据不合法的规章制度对员工进行扣工资处理。
三、特殊情况下的扣工资
造成经济损失：根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。这种情况下，企业扣工资是因为员工给企业造成了经济损失，而不是单纯因为员工违反工作纪律。
法定扣工资情形：除了上述因员工造成经济损失可以扣工资外，法律法规还规定了一些其他可以扣工资的情形，如员工被依法追究刑事责任、被劳动教养等。但这些情形与员工违反工作纪律无直接关联。
建议：
企业：应当制定合法合理的规章制度，明确员工违反工作纪律的具体情形以及相应的处理措施（包括是否扣工资、扣多少工资等），并进行公示或者告知劳动者。同时，在处理员工违反工作纪律的问题时，应当遵循合法、公正、合理的原则，避免侵犯员工的合法权益。
员工：应当遵守企业的规章制度，认真履行工作职责。如果认为企业的扣工资行为不合法或者不合理，可以与企业进行协商、投诉或者申请劳动仲裁等途径维护自己的合法权益。
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