合同工违反单位工作纪律，单位是有权扣工资的，但需遵循一定的法律规定和程序。以下从不同角度为你详细分析：

法律依据角度

根据《工资支付暂行规定》第十六条：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。” 虽然这一条款直接针对的是因劳动者原因造成经济损失的情况，但单位规章制度中若明确规定了违反工作纪律的扣款方式，且该规章制度经过民主程序制定、已公示或告知劳动者，同时不违反法律、行政法规及政策规定，不与劳动合同相冲突，那么单位可以依据规章制度对违反工作纪律的合同工进行扣款。

规章制度角度

1. 规章制度需合法有效：单位制定的关于违反工作纪律扣款的规章制度，必须符合法律法规的规定，不能侵犯劳动者的合法权益。例如，不能规定过于苛刻的扣款标准，导致劳动者工资过低，无法维持基本生活。
2. 规章制度需民主程序制定并公示：规章制度应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。并且，规章制度应当公示或者告知劳动者，确保劳动者知晓并理解其中的内容。
3. 扣款需合理：即使规章制度规定了违反工作纪律的扣款，扣款金额也应当合理，不能超过必要的限度。一般来说，扣款应当与违反工作纪律的严重程度、造成的损失等因素相适应。

实际操作角度

1. 单位应先与劳动者沟通：在决定扣款之前，单位应当与违反工作纪律的合同工进行沟通，了解情况，听取其解释和意见。这有助于避免不必要的纠纷，同时也体现了单位对劳动者的尊重。
2. 扣款需有书面记录：单位对违反工作纪律的合同工进行扣款时，应当有书面记录，明确扣款的原因、金额、时间等信息，并要求劳动者签字确认。这有助于保障双方的权益，避免后续产生争议。
3. 劳动者有权提出异议：如果合同工认为单位的扣款行为不合理或违法，有权向单位提出异议，并要求单位进行解释和说明。如果单位不予理会或处理不当，劳动者可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

特殊情况角度

1. 轻微违纪：对于轻微的违反工作纪律行为，单位可以考虑采取警告、批评教育等非扣款的方式进行处理，以体现人性化管理。
2. 严重违纪：对于严重的违反工作纪律行为，如旷工、盗窃单位财物等，单位除了可以扣款外，还可以依据规章制度解除劳动合同。但同样需要确保规章制度的合法性和合理性，并遵循相应的程序。

建议：作为合同工，应当遵守单位的工作纪律和规章制度，避免因违纪行为而面临扣款等不利后果。如果认为单位的扣款行为不合理或违法，可以及时向单位提出异议或寻求法律帮助。同时，单位在制定和执行规章制度时，也应当遵循法律法规的规定，确保规章制度的合法性和合理性。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。