结论：公司以工作不合格为由扣工资，若符合以下条件则合法：有明确且合法的规章制度作为依据，规章制度经过民主制定并公示，员工不合格与损失有直接关联，且扣减数额合理。否则，扣工资行为可能不合法，员工有权通过协商、投诉或劳动仲裁等方式维护自身权益。

合法的扣工资情形

1. 有明确且合法的规章制度：

   • 公司应制定合法有效的规章制度，明确规定何种工作不合格会导致工资扣减，并确保这些规定不违反法律法规的强制性规定。例如，规章制度中应详细列明不合格的具体情形、扣减标准等，以便员工清晰了解并遵守。

2. 规章制度民主制定并公示：

   • 根据《劳动合同法》的规定，涉及劳动者切身利益的规章制度应经职工代表大会或全体职工讨论，并与工会或职工代表平等协商确定。
   • 规章制度制定后，公司应将其公示或告知劳动者，确保员工知晓并理解相关规定。这可以通过内部公告、员工手册、电子邮件等方式进行。

3. 不合格与损失有直接关联：

   • 员工的工作不合格必须确实给公司造成了经济损失，且公司能够证明这种直接因果关系。例如，员工因疏忽导致产品出现质量问题，进而造成公司经济损失。
   • 扣减工资的数额应与员工不合格所造成的损失相适应，且不得超过法律规定的上限。根据相关规定，每月扣除部分不得超过劳动者当月工资的20%，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。

不合法的扣工资情形

1. 缺乏制度依据：

   • 公司没有制定相关规章制度，或虽有制度但未明确规定工作不合格的扣工资情形，却随意以工作不合格为由扣减员工工资。这种情况下，公司的扣工资行为缺乏合法依据。

2. 制度不合法：

   • 公司的规章制度违反法律法规的规定，如扣减工资的比例过高、对工作不合格的界定不合理等。
   • 规章制度的内容或制定程序不符合法律规定，如未经民主制定、未公示等。这些情况下，公司的规章制度不具有法律效力，不能作为扣工资的依据。

3. 无法证明损失与不合格的关联：

   • 公司无法提供充分证据证明员工的工作不合格与公司所声称的经济损失之间存在直接因果关系。例如，公司声称因员工工作不合格导致客户流失，但无法提供具体证据支持这一说法。

员工权益保护

如果员工认为公司以工作不合格为由扣工资不合法，可以采取以下措施维护自己的合法权益：

• 与公司协商解决：首先尝试与公司进行沟通，了解扣工资的具体原因和依据，并提出自己的异议和诉求。在协商过程中，员工可以要求公司提供相关证据和规章制度作为依据。

• 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉，请求其介入调查并处理。劳动监察部门有权对公司进行调查，并要求公司提供相关证据和规章制度。如果公司存在违法行为，劳动监察部门将依法进行处罚。

• 申请劳动仲裁：若投诉仍无法解决问题，员工可以依法向劳动仲裁委员会提起劳动仲裁，通过法律途径维护自己的权益。在劳动仲裁过程中，员工需要提供相关证据证明公司的扣工资行为不合法，并要求公司支付被扣减的工资及可能的赔偿金。

建议：在面临公司以工作不合格为由扣工资的情况时，员工应首先了解自己的权益和保护途径。如果认为公司的扣工资行为不合法，可以积极与公司协商、向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。同时，员工也应保留好相关证据，如工资条、劳动合同、工作记录等，以便在维权过程中提供有力支持。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。