公司以考试为由扣工资通常是不合法的。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据
《中华人民共和国劳动法》：
- 第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”
- 这表明，除非有法定或约定的理由，公司不得随意扣除员工的工资。
《工资支付暂行规定》（劳部发〔1994〕489号）：
- 第十五条明确规定了用人单位可以代扣劳动者工资的几种情形，但并未将考试不合格列为可代扣工资的情形。
- 第十六条规定了因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按劳动合同的约定要求赔偿，但从工资中扣除的部分有限制。
二、公司扣除工资的行为分析
合法性判断：
- 如果公司的规章制度或劳动合同中明确规定了考试不达标可以扣除工资，并且该规定不违反法律法规的强制性规定，公司在一定程度上有权根据这些规定扣除工资。但这种情况较为罕见，且必须确保规定的合法性。
- 在大多数情况下，如果公司的规章制度或劳动合同中没有相关规定，或者规定违反了法律法规，那么公司扣除工资的行为就是违法的。
合理性考量：
- 即使公司有权扣除工资，也需要考虑扣除的合理性，比如扣除的金额是否与考试违规的程度相匹配，是否对员工造成了过大的经济负担等。
程序正当性：
- 公司在扣除工资前，应当遵循一定的程序，如告知员工考试违规的事实、依据的规定以及拟扣除的工资数额等，并听取员工的意见和申辩。
三、员工应对策略
了解公司规章制度和劳动合同：
- 员工应首先了解公司的规章制度和劳动合同中关于考试和工资扣除的具体规定，以便判断公司扣除工资的行为是否合法合规。
与公司沟通协商：
- 如果认为公司扣除工资的行为不合理或违法，员工可以与公司进行沟通协商，要求公司提供合理的解释和依据。
申请劳动仲裁或提起诉讼：
- 如果沟通协商无果，员工可以向当地的劳动争议仲裁委员会申请仲裁，或者向人民法院提起诉讼，维护自己的合法权益。
综上所述，公司以考试为由扣工资通常是不合法的。员工在面对此类情况时，应了解自己的权益，与公司进行沟通协商，并在必要时采取法律手段维护自己的合法权益。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。