商铺收取卫生费是否合法，需根据具体情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
合同约定角度
- 合法情况：若商铺业主与物业公司签订的物业服务合同中，明确约定了物业费包含卫生清洁等相关服务费用，则物业不应额外收取卫生费。但若合同中同时约定了针对特定卫生服务项目（如商铺垃圾清运费、定期消毒费等）可单独收取费用，并详细说明了收费标准及方式，则此类收费在符合合同约定的前提下是合法的。
- 不合法情况：若物业服务合同中没有关于收取卫生费的约定，物业擅自收取卫生费，则此行为是不合法的。
物价部门审批角度
- 合法情况：物业收取卫生费需经过当地物价部门的审批，并获得相关的收费许可文件。若物业已获物价部门核准，并按照规定的收费标准执行，则其收费行为合法。
- 不合法情况：若物业未经物价部门审批，擅自收取卫生费，则此行为是不合法的。
业主大会同意角度
- 合法情况：根据《民法典》规定，小区或商铺区域的重大事项需由业主共同决定。若物业收取卫生费已经过商铺业主大会或业主代表大会讨论通过，并形成决议，同时收费的用途、标准等都已向业主公示，则此类收费具备合法性基础。
- 不合法情况：若物业未经业主大会同意，擅自收取卫生费，则此行为是不合法的。
实际操作建议：
- 查询依据：商铺业主在面对物业收取卫生费时，应首先要求物业提供收费依据，包括合同、物价部门批文、业主大会决议等。
- 咨询确认：若对物业提供的收费依据存疑，可向当地房地产管理部门、物价部门等咨询确认，以了解物业收费的合法性。
- 维护权益：若发现物业存在不合法收费行为，商铺业主应及时向相关部门投诉，如房地产管理部门、物价部门等，以维护自身合法权益。同时，也可以考虑通过法律途径解决纠纷，如提起民事诉讼等。
法律后果提示：
- 若物业合法收取卫生费，商铺业主应按时支付，否则可能面临物业的催缴、滞纳金等后果，甚至可能影响商铺的正常使用。
- 若物业不合法收取卫生费，商铺业主有权拒绝支付，并可向相关部门投诉。若物业因此采取不当措施（如停水、停电等），商铺业主可依法追究物业的法律责任。
综上所述，商铺收取卫生费的合法性需根据具体情况判断。在符合法律规定和程序的前提下，物业可以收取卫生费；但若未经许可且无约定，则物业的收费行为是不合法的。商铺业主应充分了解相关法律法规，积极维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。