结论：漏打卡扣2天工资是否合法，需根据具体情况判断，若公司规章制度合法且已告知员工，同时扣款符合法律规定，则是合法的；反之则不合法。以下从不同角度详细分析：
一、公司规章制度的角度
规章制度需合法：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。规章制度的内容不得违反法律、法规的规定。
- 如果公司的规章制度中明确规定了漏打卡的扣款方式，并且这一规定不违反法律法规，那么公司按照规章制度执行扣款是合法的。
规章制度需告知员工：
- 规章制度必须经过民主程序制定，并且已经告知劳动者。如果公司未将规章制度告知员工，或者员工对规章制度不知情，那么公司不能依据该规章制度对员工进行扣款。
二、扣款合法性的角度
扣款不得超过法定限度：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 如果公司因员工漏打卡而扣款，且扣款金额超过了员工当月工资的20%，或者扣除后员工工资低于当地最低工资标准，那么这种扣款是不合法的。
扣款需与损失相当：
- 公司扣款应当与员工漏打卡给公司造成的实际损失相当。如果公司无法证明漏打卡给公司造成了具体损失，或者扣款金额明显高于实际损失，那么这种扣款也是不合法的。
三、实际操作建议
对于员工：
- 如果认为公司的扣款行为不合法，可以先与公司协商解决。
- 协商无果的，可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁维护自己的合法权益。
对于公司：
- 在制定规章制度时，应确保规章制度合法、合规，并且已经告知员工。
- 在扣款时，应确保扣款金额合法、合理，并且与员工漏打卡给公司造成的实际损失相当。
举例说明：假设员工月工资为5000元，当地最低工资标准为2000元。如果公司因员工漏打卡而扣款1000元，那么这种扣款是合法的，因为扣款金额未超过员工当月工资的20%（即1000元未超过5000元的20%），且扣除后员工工资仍高于当地最低工资标准。但如果公司扣款2000元，那么这种扣款就不合法了，因为扣除后的工资（3000元虽然高于最低工资，但若按20%算应为1000元，2000元扣款超出了法定比例）违反了每月扣除部分不得超过劳动者当月工资20%的规定（在确保不低于最低工资的前提下）。
总结：漏打卡扣2天工资是否合法，需综合考虑公司规章制度的合法性、是否已告知员工、扣款金额是否合法合理以及是否与实际损失相当等因素。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。