结论：不辞而别后老板扣工资的行为不一定合法，具体是否合法需根据实际情况判断。以下从多个角度为你详细分析：
一、法律对工资支付的规定
根据《中华人民共和国劳动法》以及《工资支付暂行规定》等相关法律法规，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。这意味着，只要劳动者提供了正常劳动，用人单位就应当支付相应的工资，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
二、不辞而别的情况分析
若你的不辞而别给用人单位造成了损失：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 举例：假设你月工资为5000元，因不辞而别给公司造成了2000元的损失，公司最多只能从你当月工资中扣除1000元（即20%），剩余4000元应支付给你。若当地最低工资标准为3000元，则公司至少应支付给你3000元。
若你的不辞而别并未给用人单位造成损失，或损失难以量化：
- 在这种情况下，用人单位无权直接扣除你的工资。如果用人单位擅自扣除了你的工资，你可以向当地劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，要求用人单位支付被扣除的工资。
三、建议与行动
与用人单位协商：
- 首先，你可以尝试与用人单位进行沟通，了解他们扣除工资的具体原因和依据。如果用人单位能够提供合理的解释和证据，且扣除的工资数额符合法律规定，那么你可能需要接受这一结果。
- 如果用人单位无法提供合理的解释或证据，或者扣除的工资数额超过了法律规定的限额，你可以与用人单位协商要求支付被扣除的工资。
向劳动监察部门投诉：
- 如果协商无果，你可以向当地劳动监察部门投诉。劳动监察部门有权对用人单位的违法行为进行调查和处理，并要求用人单位支付被扣除的工资。
申请劳动仲裁：
- 如果投诉后问题仍未得到解决，你可以向劳动仲裁委员会申请劳动仲裁。劳动仲裁委员会将根据事实和法律规定作出裁决，要求用人单位支付被扣除的工资。
最后，不辞而别并不是一种推荐的做法，它可能会给你和用人单位都带来不必要的麻烦和损失。在离职前，最好能够与用人单位进行充分的沟通，并按照规定办理离职手续。如果你有任何法律问题或需要进一步的帮助，请随时向我咨询。