结论：工程内部承包协议中约定的固定利润未达成时，公司是否可要求承包人补偿，需根据协议的具体内容、双方的实际履行情况以及相关法律法规来综合判断。以下从不同角度进行分析：

1. 协议内容与约定：

   • 首先，要仔细审查工程内部承包协议中关于固定利润的条款。如果协议中明确约定了固定利润的数额或计算方式，并且约定了未达成时的补偿机制或违约责任，那么公司有权根据协议要求承包人进行补偿。
   • 如果协议中没有明确约定补偿机制或违约责任，但约定了固定利润作为承包人的主要收益来源，且未达成固定利润是由于承包人的过错或违约行为导致的，公司也可能有权要求承包人承担一定的责任或进行补偿，但这需要依据协议的整体内容和双方的实际履行情况来判断。

2. 实际履行情况：

   • 接下来，要分析双方在实际履行过程中的情况。如果承包人已经按照协议约定履行了大部分义务，但由于市场变化、政策调整等不可抗力因素导致固定利润未达成，那么公司要求承包人补偿可能缺乏合理性。
   • 如果承包人存在违约行为，如未按照协议约定的质量、进度等要求完成工程，导致公司无法获得预期的固定利润，那么公司有权要求承包人承担违约责任，包括补偿损失。

3. 相关法律法规：

   • 在处理此类纠纷时，还需要考虑相关法律法规的规定。例如，《中华人民共和国民法典》中关于合同违约责任的规定，以及建设工程领域的相关法律法规和司法解释。
   • 如果协议中的固定利润条款被认定为违法或无效（如违反法律法规的强制性规定或公序良俗），那么公司要求承包人补偿的请求可能不会得到法律的支持。

4. 建议与措施：

   • 对于公司而言，如果认为承包人应承担补偿责任，首先应与承包人进行协商，尝试通过友好方式解决纠纷。
   • 如果协商无果，公司可以依据协议中的争议解决条款（如仲裁或诉讼）来维护自己的权益。在提起仲裁或诉讼前，建议公司收集并整理好相关证据，如协议文本、实际履行情况记录、损失计算依据等。
   • 同时，公司也可以咨询专业律师的意见，以更准确地评估自己的权益和可能的法律后果。

可能法律后果：

• 如果公司能够证明承包人存在违约行为且该行为与固定利润未达成之间存在因果关系，那么公司有可能获得法院或仲裁机构的支持，要求承包人进行补偿。
• 如果公司无法证明承包人的违约行为或该行为与固定利润未达成之间无直接因果关系，或者协议中的固定利润条款被认定为违法或无效，那么公司要求承包人补偿的请求可能会被驳回。

进一步思考：

• 在签订工程内部承包协议时，双方应充分考虑各种可能的风险因素，并在协议中明确约定风险分担机制和违约责任条款，以减少未来可能发生的纠纷。
• 在实际履行过程中，双方应严格按照协议约定履行各自的义务，并及时沟通解决出现的问题，以维护良好的合作关系。

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