内部承包协议在符合一定条件下是可以起诉公司的。以下从不同角度为您详细分析：
一、起诉的可行性
合同纠纷角度：内部承包协议本质上是一种合同关系，当双方在履行协议过程中产生纠纷，如权益分配、工程款结算、违约责任承担等方面存在争议，且符合起诉条件时（如原告与案件有直接利害关系、有明确被告、有具体诉讼请求和事实理由、属于法院受理民事诉讼范围和受诉法院管辖），就可以向法院提起诉讼。例如，分公司与总公司在内部承包工程中，若因工程款结算或违约责任承担等问题产生纠纷，分公司有权起诉总公司。
企业内部管理关系角度：然而，内部承包协议也具有一定的特殊性，它往往涉及企业内部的管理关系。如果纠纷本质上属于企业内部管理事项，如企业按照内部规章制度对承包方进行考核奖惩所引发的争议，法院可能会不予受理。这是因为这类争议更多涉及企业内部的管理决策和规章制度执行，不属于法院民事诉讼的受理范围。
二、起诉前的准备
在决定起诉公司之前，您需要做好充分的准备，以确保诉讼的顺利进行。具体来说，您需要收集以下证据来支撑您的诉求：
承包合同：这是证明您与公司之间存在内部承包关系的重要证据，也是确定双方权利义务的基础。
履行记录：包括工程进度、质量验收、款项支付等方面的记录，这些记录能够证明您是否按照协议约定履行了义务，以及公司是否存在违约行为。
其他相关证据：如沟通记录、会议纪要、往来函件等，这些证据能够辅助证明纠纷的事实和原因。
三、法律后果与风险提示
法律后果：如果法院受理了您的起诉，并认定公司存在违约行为或侵犯了您的合法权益，那么公司可能需要承担相应的法律责任，如支付工程款、赔偿损失等。
风险提示：然而，诉讼也存在一定的风险。如果证据不足或诉讼策略不当，您可能会面临败诉的风险。此外，诉讼过程可能耗时较长，且需要支付一定的诉讼费用。因此，在决定起诉之前，您需要充分评估诉讼的风险和成本。
四、具体案例参考
以某建筑公司与孟某的建筑工程分包合同纠纷案为例，该案中建筑公司依据内部承包协议向孟某行使了追偿权，并最终获得了法院的支持。这表明，在符合一定条件下，内部承包协议是可以作为起诉依据的。但需要注意的是，每个案件的具体情况都有所不同，因此不能简单地将其他案件的判决结果套用到自己的案件中。
建议：在决定是否起诉公司之前，建议您先咨询专业律师（比如我）的意见。我可以根据您的具体情况和内部承包协议的内容，为您评估诉讼的可行性和风险，并帮助您制定合适的诉讼策略。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。