结论：在总公司签订的内部承包协议纠纷中，是否可以将当地分公司列为被告，需根据具体情况分析，主要取决于分公司的法律地位、协议内容以及纠纷性质。
分析如下：
分公司的法律地位：
- 分公司作为总公司的分支机构，通常不具备独立的法人资格，其民事责任由总公司承担。然而，在特定情况下，如分公司依法登记并领取了营业执照，且有一定的财产和经费，能够独立承担部分民事责任时，分公司可能成为诉讼中的适格被告。
- 法律依据：根据《公司法》第十四条：“公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。” 但需注意，此条款并未完全排除分公司作为被告的可能性，特别是在分公司有独立财产和经费，且能够承担部分民事责任的情况下。
协议内容：
- 内部承包协议是总公司与分公司（或内部部门/员工）之间就特定业务或项目达成的协议。协议中通常会明确双方的权利义务、责任承担等条款。
- 如果协议中明确约定了分公司作为独立责任主体，或者约定了分公司需承担特定责任，那么在纠纷发生时，将分公司列为被告可能具有合同依据。
纠纷性质：
- 纠纷的性质也是决定是否可以将分公司列为被告的重要因素。例如，如果纠纷涉及分公司自身的经营行为，且该行为超出了总公司的授权范围，或者分公司以自己的名义对外签订了合同并产生了纠纷，那么分公司可能成为诉讼中的被告。
- 另一方面，如果纠纷主要是基于总公司与分公司之间的内部管理关系，如承包费用的支付、业绩考核等，那么通常将总公司作为被告更为合适。
法律建议：
- 在决定是否将分公司列为被告前，应仔细审查内部承包协议的内容，明确双方的权利义务和责任承担条款。
- 了解分公司的法律地位和财产状况，评估其是否具备独立承担民事责任的能力。
- 根据纠纷的性质和具体情况，选择合适的诉讼策略。如果分公司确实应承担责任，且具备独立诉讼主体资格，那么可以将其列为被告；否则，应将总公司作为被告。
可能后果：
- 如果错误地将分公司列为被告，而分公司实际上不具备独立承担民事责任的能力，那么可能会导致诉讼程序复杂化，甚至影响判决的执行。
- 另一方面，如果忽略了分公司应承担的责任，而仅将总公司列为被告，那么可能会损害债权人的利益，因为总公司可能需要承担更多的责任来弥补分公司的不足。
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