结论：在诈骗案件中，公司被抓后，普通员工是否会被查工资并非绝对，而是取决于其是否明知诈骗性质、在诈骗行为中所起的作用、参与诈骗的金额以及其他量刑情节。若员工对诈骗行为不知情且未参与核心诈骗活动，则一般不会被深入调查工资情况；反之，若明知并积极参与，则不仅可能面临刑事处罚，工资情况也可能作为调查的一部分。

分析：

1. 明知且参与诈骗活动：

   • 如果普通员工明确知道所在单位或组织正在实施诈骗行为，并且积极参与其中，为诈骗行为提供了实质性的帮助，如拨打诈骗电话、发送诈骗短信、协助转账等，那么该员工将构成诈骗罪的共犯。在这种情况下，司法机关在调查时，很可能会对员工的工资情况进行审查，以判断其是否从诈骗行为中获得了非法利益，以及非法利益的数额等。

2. 应当知道且参与诈骗活动：

   • 即使员工一开始并不明确知道自己的行为属于诈骗，但根据其工作内容、公司的运营模式以及所获取的报酬等因素，结合常理判断，其应当意识到自己的行为是在协助实施诈骗，这种情况下也可能被认定为有罪。此时，工资情况同样可能成为调查的一部分，用以评估员工的非法所得和主观恶性。

3. 确实不知情且未参与核心诈骗行为：

   • 如果员工对公司或组织的诈骗行为确实不知情，只是从事一些与诈骗行为没有直接关联的日常工作，如行政、后勤、保洁、维修等，并且没有为诈骗行为提供任何实质性帮助，那么一般不会被认定为犯罪。在这种情况下，司法机关通常不会对员工的工资情况进行深入调查，因为这与诈骗案件的核心事实无直接关联。

其他考虑因素：

• 在诈骗行为中所起的作用：员工在诈骗行为中所起的作用也是判断其是否会被调查工资的重要因素。如果员工在共同犯罪中仅起次要或者辅助作用，可认定为从犯，依法从轻、减轻处罚或者免除处罚。此时，对工资的调查可能相对宽松。

• 参与诈骗的金额等情节：诈骗金额是决定量刑幅度的关键因素之一。如果员工参与的诈骗金额巨大，那么司法机关在调查时可能会更加全面和深入，包括对工资情况的审查。

• 其他量刑情节：法院在量刑时还会考虑员工的主观恶性、悔罪表现等其他因素。例如，是否有预谋、是否多次实施诈骗、在案发后是否积极退赃、是否如实供述自己的罪行等。这些因素也可能影响司法机关对工资情况的调查态度。

建议：

• 对于普通员工而言，为了避免不必要的法律风险，建议在入职前充分了解公司的业务性质和合法性，并在工作中保持警惕。一旦发现公司存在违法行为，应立即离职并向相关部门举报。

• 如果已经涉嫌犯罪，应积极配合司法机关的调查，如实供述自己的罪行，争取从宽处理。同时，也可以咨询专业律师，了解自己的法律权益和可能的法律后果。

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