结论：员工工资拆分为母子两个公司发放，且员工只与母公司签订劳动合同的情况下，被辞退时的补偿问题，主要取决于员工与母公司之间的劳动关系以及辞退的合法性。以下从不同角度进行分析：
一、劳动关系认定
劳动合同效力：
- 员工与母公司签订了劳动合同，这构成了双方之间劳动关系的直接证据。根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，劳动合同是劳动者与用人单位确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议。
工资发放形式的影响：
- 尽管工资由母子两个公司分别发放，但这并不改变员工与母公司之间的劳动关系。工资发放形式可能涉及税务、财务等方面的安排，但不影响劳动关系的认定。
二、辞退补偿的计算
经济补偿金：
- 如果母公司合法辞退员工（如员工存在严重违反公司规章制度、不能胜任工作等情形，且公司已履行相应程序），则根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，公司可能需要支付经济补偿金。经济补偿金的计算通常基于员工在公司的工作年限和月工资水平。
- 计算公式：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资）。
违法辞退的赔偿金：
- 如果母公司违法辞退员工（如未提前通知、未支付经济补偿金等），则员工有权要求公司支付赔偿金。赔偿金的数额通常是经济补偿金的两倍。
- 计算公式：赔偿金 = 2 × 经济补偿金 = 2 × 工作年限 × 月工资。
工资拆分对补偿的影响：
- 工资由母子两个公司分别发放，并不影响经济补偿金或赔偿金的计算。在计算时，应将员工在母公司及子公司实际获得的全部工资收入纳入考虑范围，以确定月工资水平。
三、实际操作建议
收集证据：
- 员工应保留与母公司签订的劳动合同、工资条、银行转账记录等证据，以证明与母公司之间的劳动关系及工资收入情况。
协商与调解：
- 在被辞退后，员工可以首先尝试与母公司进行协商，寻求合理的补偿方案。如果协商无果，可以寻求劳动调解委员会的帮助进行调解。
法律途径：
- 如果协商和调解均无法解决问题，员工可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼。
进一步思考：在实际操作中，员工工资拆分为母子两个公司发放可能涉及复杂的财务和税务安排。因此，在处理此类劳动纠纷时，除了关注劳动关系和辞退补偿的法律问题外，还需要考虑相关财务和税务方面的规定。如有需要，建议咨询专业的财务和税务顾问。
最后，如果你在此类问题上还有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。