结论：在母子公司同时任职的员工，在母子公司同时清算时，一般不能在两边都拿到补偿款。具体能否获得以及获得多少，需根据实际情况和相关法律规定综合判断。

分析说明：

1. 清算补偿的基本原则：

   • 清算补偿，通常指的是在公司清算过程中，对员工因公司终止而遭受的损失进行的补偿。这种补偿一般基于员工与公司之间的劳动关系，以及员工因公司清算而失去的工作和收入。
   • 在母子公司同时任职的员工，虽然与两家公司都存在劳动关系，但在清算时，其补偿的获取应遵循“不重复获取”的原则。即，员工不能因同一劳动关系在两家公司同时获得清算补偿。

2. 母子公司清算的独立性：

   • 母公司和子公司是独立的法人实体，它们的清算过程也是独立的。但是，这并不意味着员工可以在两家公司同时获得清算补偿。
   • 在实际操作中，如果员工在母公司和子公司都担任了职务，且都因清算而失去了工作，那么其补偿的获取应基于其实际的工作情况、工资收入以及两家公司的清算方案等因素进行综合考虑。

3. 具体补偿的确定：

   • 员工能否获得补偿以及获得多少补偿，首先取决于两家公司的清算方案。清算方案中会明确员工的补偿标准、补偿方式以及补偿的支付时间等。
   • 如果两家公司的清算方案都规定了员工的补偿，那么员工需要根据实际情况选择其中一家公司进行补偿的申请。一般来说，员工会选择与其劳动关系更为紧密、补偿标准更为优厚的公司进行申请。
   • 在某些特殊情况下，如员工在母公司和子公司的职务、工资收入等存在显著差异，且两家公司的清算方案都愿意给予员工补偿时，员工可能需要与两家公司进行协商，以确定最终的补偿方案。但这种情况较为罕见，且需要满足一定的法律条件。

4. 法律后果的提示：

   • 如果员工试图在两家公司同时获得清算补偿，可能会面临法律风险。因为这种行为可能被视为重复获取补偿，违反了清算补偿的基本原则。
   • 在极端情况下，如果员工通过不正当手段在两家公司同时获得了清算补偿，那么其可能需要承担法律责任，包括返还多得的补偿款、支付罚款等。

建议：

• 对于同时在母子公司任职的员工来说，在母子公司同时清算时，应仔细了解两家公司的清算方案，并根据自己的实际情况选择合适的补偿申请方式。
• 如果对清算方案或补偿的获取存在疑问或争议，建议及时咨询专业律师或相关机构，以维护自己的合法权益。

如有更多疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。