结论：上班迟到两分钟是否要扣全勤，不能一概而论，这主要取决于公司的规章制度以及劳动合同中的相关约定。
分析：
公司规章制度：
- 许多公司都会制定详细的考勤管理制度，其中会明确规定迟到、早退等行为的处理方式，包括是否扣除全勤奖、扣除多少等。
- 如果公司的规章制度中明确规定了迟到两分钟即扣除全勤奖，那么员工在迟到的情况下，公司有权按照制度执行。
劳动合同约定：
- 劳动合同是员工与公司之间约定双方权利和义务的法律文件。
- 如果劳动合同中明确约定了迟到等考勤问题的处理方式，并且该约定不违反法律法规的强制性规定，那么双方应当按照劳动合同的约定执行。
- 如果劳动合同中没有明确约定，或者约定不明确，那么就需要参考公司的规章制度以及相关法律法规的规定。
法律法规的考量：
- 虽然法律法规没有直接规定迟到两分钟是否要扣全勤，但要求公司制定的规章制度应当合法、合理，并且不得侵犯员工的合法权益。
- 如果公司的规章制度过于严苛，或者明显不合理，员工有权向相关部门投诉或者寻求法律援助。
建议：
对于员工：
- 在入职前，应当仔细阅读公司的规章制度和劳动合同，了解其中关于考勤管理的规定。
- 如果对公司的规定有疑问或者不满，可以及时向公司的人力资源部门或者上级领导提出，寻求解释或者修改。
- 在日常工作中，应当严格遵守公司的考勤管理制度，避免因为迟到等行为而影响自己的全勤奖和工资收入。
对于公司：
- 在制定考勤管理制度时，应当充分考虑员工的实际情况和合理需求，确保制度既能够维护公司的正常运营秩序，又不会侵犯员工的合法权益。
- 在执行制度时，应当做到公平、公正、公开，避免因为执行不当而引发员工的不满和纠纷。
后续行动：
- 如果你因为迟到两分钟而被扣除了全勤奖，并且认为公司的规定不合理或者执行不当，你可以先与公司的人力资源部门或者上级领导进行沟通协商。
- 如果沟通协商无果，你可以向当地的劳动监察部门投诉或者寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
希望以上分析能够对你有所帮助。如果你还有其他关于劳动工伤方面的问题，可以直接向我咨询。