针对您提出的问题，即“实际工资5000元，单位只按3000元交公积金是否合法”，我可以明确地告诉您，这种做法是不符合相关规定的。

首先，我们来了解一下公积金的缴存法规基础。根据《住房公积金管理条例》第十六条的规定，职工住房公积金的月缴存额是基于职工本人上一年度的月平均工资来计算的，同时乘以职工住房公积金的缴存比例。单位为职工缴存的住房公积金的月缴存额也是以此为基础进行计算的。这意味着，公积金的缴存基数应当是职工的实际工资，而不是单位随意选择的数额。

接下来，我们具体分析一下您的情况。如果您的实际工资是5000元，那么按照法规规定，您的公积金缴存基数也应当是5000元。单位如果只按3000元来缴存公积金，实际上就是降低了缴存基数。这种做法会导致您的公积金账户入账金额减少，从而损害了您的合法权益。

此外，公积金的缴存比例也是法定的，不能根据个人或单位的意愿随意调整。无论是个人还是单位，都应按照当地政策规定的比例进行缴存。如果单位擅自调整了缴存比例，也是不符合规定的。

那么，如果您发现单位不按规定缴存公积金，应该怎么办呢？我建议您首先与单位进行沟通协商，要求单位按照规定调整缴存基数和比例。如果协商无果，您可以向当地的住房公积金管理中心进行投诉举报。住房公积金管理中心将责令单位限期改正，并督促单位为您补缴少缴的住房公积金。

最后，我想提醒您的是，公积金的缴存应严格遵守相关法律法规和政策规定，确保您的合法权益得到保障。您应该了解自己的公积金缴存情况，如发现异常应及时与单位沟通或向相关部门寻求帮助。对于具体的计算方式或政策疑问，我建议您咨询当地的公积金管理中心或相关部门以获取准确的信息和指导。