员工在上班途中遭遇交通事故且对方负主要责任时，可依法向公司主张工资及福利的发放，具体处理方式如下：

1. 明确事故性质与工伤认定
   根据《工伤保险条例》第十四条第六项，员工在上下班途中受到非本人主要责任的交通事故伤害，应认定为工伤。因此，您需第一时间报警并取得《交通事故责任认定书》（明确司机全责或主责），同时要求公司向社保部门申请工伤认定。工伤认定是后续主张权益的核心依据，公司若未在30日内申请，您可自行在1年内申请。

2. 工资与福利的发放规则

   • 停工留薪期工资：工伤治疗期间（需医院出具病假证明），公司应按原工资福利待遇按月支付，一般不超过12个月（伤情严重可延长）。此期间公司不得单方解除劳动合同或降低工资。
     
   • 福利延续：除工资外，公司应继续发放与岗位相关的福利（如交通补贴、餐补等），但若福利与实际出勤挂钩（如全勤奖），公司可依法扣除。
     
   • 特殊情形：若公司未缴纳工伤保险，所有工伤待遇（包括医疗费、伤残补助等）均由公司承担，工资部分仍需按停工留薪期标准支付。

3. 与公司协商的注意事项

   • 书面沟通：通过邮件或书面函件向公司说明事故情况、工伤认定进度及工资发放诉求，保留沟通记录。
     
   • 引用法律依据：明确告知公司《工伤保险条例》第三十三条（停工留薪期工资）及第六十二条（未参保责任），增强协商说服力。
     
   • 提出合理方案：若公司以“未出勤”为由拒发工资，可要求公司出具书面拒绝理由，并同步准备劳动仲裁材料。

4. 维权路径

   • 劳动监察投诉：向当地劳动保障监察大队举报公司拖欠工资行为，要求介入调查。
     
   • 劳动仲裁申请：若协商无果，可在事故发生后1年内申请仲裁，主张停工留薪期工资、福利差额等（需提交工伤认定书、病假证明、工资条等证据）。
     
   • 民事诉讼辅助：若交通事故赔偿与工伤待遇存在竞合（如医疗费），可先通过交通事故索赔，不足部分再通过工伤途径补足。

行动建议：立即要求公司启动工伤认定程序，同步收集交通事故证据（如责任认定书、医疗记录）及工资发放证明（如银行流水、劳动合同）。若公司推诿，可向社保部门投诉或直接申请仲裁，确保权益不受损。如有细节需要进一步分析，欢迎随时沟通。