离职时，平时已申请的加班费应按照实际加班时长及双方约定的或法定的加班工资标准进行计算。具体分析如下：

1. 加班时长的确认：

   • 加班时长是计算加班费的基础。员工应保留好加班申请记录、考勤记录等相关证据，以证明实际加班的时长。
   • 离职时，公司应与员工核对加班时长，确保双方对加班时长无争议。若公司拒绝核对或存在争议，员工可依据相关证据向劳动争议调解仲裁机构或法院主张权利。

2. 加班工资标准的确定：

   • 根据《劳动法》及相关规定，加班工资标准通常分为三种：工作日加班、休息日加班且不能安排补休的、法定节假日加班。每种情况下的加班工资标准不同，一般为正常工资的1.5倍、2倍或3倍。
   • 若双方劳动合同或公司规章制度中有明确约定加班工资标准，且该标准不低于法定标准，则按照约定执行。
   • 若双方无约定或约定低于法定标准，则按照法定标准执行。

3. 加班费的计算与支付：

   • 加班费应按照实际加班时长及确定的加班工资标准进行计算。例如，若员工工作日加班2小时，正常工资为每小时X元，则加班费为2X*1.5。
   • 离职时，公司应一次性支付员工所有未支付的加班费。若公司拒绝支付或拖延支付，员工可依法向劳动争议调解仲裁机构或法院提起诉讼或申请仲裁。

4. 特殊情况下的处理：

   • 若员工离职时与公司存在加班费争议，且双方无法协商解决，员工可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动争议调解仲裁。
   • 在处理加班费争议时，员工应提供充分的证据证明加班事实及加班时长，以便维护自己的合法权益。