结论前置：公司若克扣加班费，员工因此辞职是有权获得经济补偿的，同时还可以要求公司补发拖欠的加班费。以下从多个角度进行详细分析：
一、法律依据与性质界定
加班费的法律地位：
- 根据我国《劳动合同法》及相关法律法规，加班费是劳动者在正常工作时间之外提供劳动所应获得的合理报酬，明确属于劳动报酬的组成部分。
公司克扣加班费的法律后果：
- 用人单位有义务按照劳动合同约定和国家规定，及时足额向劳动者支付劳动报酬。拒绝支付加班费即构成未及时足额支付劳动报酬的情形，违反了《劳动合同法》的相关规定。
二、员工权利与补偿标准
解除劳动合同的权利：
- 根据《劳动合同法》第三十八条，用人单位存在未及时足额支付劳动报酬等法定情形的，劳动者有权解除劳动合同。因此，员工因公司克扣加班费而辞职，是合法的解除劳动合同行为。
经济补偿的标准：
- 劳动者因公司克扣加班费而解除劳动合同的，有权要求用人单位支付经济补偿。
- 经济补偿按劳动者在本单位工作的年限计算，具体为：每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资。这里的月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
- 计算公式：经济补偿金 = 工作年限 × 月工资（劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资）
- 示例：若劳动者在单位工作了3年，月工资为8000元，则经济补偿金为3 × 8000 = 24000元。
加班费的补发：
- 除了经济补偿外，劳动者还有权要求公司补发拖欠的加班费。具体标准依据《劳动法》第四十四条的规定执行，即延长工作时间支付不低于工资的150%，休息日工作且不能补休支付不低于工资的200%，法定节假日工作支付不低于工资的300%。
三、维权途径与注意事项
协商与调解：
- 首选方式是与公司进行友好协商，要求支付加班费及经济补偿。
- 若协商不成，可向劳动监察部门投诉，请求介入调解。
劳动仲裁与诉讼：
- 调解无果后，劳动者可向劳动争议仲裁机构申请仲裁，提交相关证据如加班记录、考勤记录、工资条等，以证明公司存在克扣加班费的行为。
- 对仲裁裁决不服的，可向人民法院提起诉讼，通过司法程序维护合法权益。
证据收集与时效注意：
- 劳动者在维权过程中需妥善收集并保留所有相关证据，如加班通知、加班记录、考勤表、工资条等，以证明公司存在克扣加班费的事实。
- 劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，自知道或应当知道权利被侵害之日起计算。因此，劳动者应及时行使权利，确保自身合法权益得到有效保护。
四、特殊情况说明
- 如果用人单位已经按照法律规定或劳动合同约定制定了合理的加班工资计算和支付制度，并且有证据证明已经足额支付了加班费，只是劳动者对加班费的计算方式等存在误解而辞职，这种情况下劳动者要求经济补偿可能不会得到支持。
- 如果劳动者没有以用人单位未足额支付加班费为由正式提出解除劳动合同，而是以其他原因辞职，之后又主张因加班费问题要求经济补偿，这种情况通常也难以获得支持。
总结与建议：公司克扣加班费时，员工不仅有权辞职并获得经济补偿，还可要求补发加班费。在维权过程中，员工应遵循法定程序，注重证据收集，并及时行使权利。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。