结论：按摩技师没签入职申请和劳动合同，在店内违反公司规定时，公司仍可依据实际存在的劳动关系和公司规章制度进行处理，但需注意处理方式的合法性和合理性。
分析说明：
劳动关系的认定：
- 尽管没有签订入职申请和劳动合同，但只要按摩技师实际上为公司提供了劳动，并接受了公司的管理和监督，双方之间就形成了事实上的劳动关系。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位自用工之日起即与劳动者建立劳动关系。因此，即使没有书面合同，也不影响劳动关系的成立。
公司规章制度的适用：
- 公司规章制度是公司内部管理的重要依据，只要规章制度内容合法、程序正当，且已向劳动者公示或告知，就可以对劳动者产生约束力。
- 按摩技师作为公司员工，应当遵守公司的规章制度。如果违反规定，公司有权依据规章制度进行处理。
处理方式的合法性和合理性：
- 公司在处理违反规章制度的员工时，必须确保处理方式的合法性和合理性。例如，不能采取非法拘禁、体罚等违法行为。
- 处理方式应当与违反规章制度的性质、情节以及造成的后果相适应，不能过重或过轻。
未签订劳动合同的法律后果：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，用人单位未与劳动者签订书面劳动合同的，应当向劳动者支付双倍工资，并视为自用工之日起满一年的当日已经与劳动者订立无固定期限劳动合同。
- 这意味着，尽管公司可以依据事实劳动关系和规章制度处理员工，但也可能面临支付双倍工资等法律责任。
特殊场景：
- 如果按摩技师的违规行为严重到构成犯罪（如盗窃、故意伤害等），公司应当立即报警，并配合司法机关进行调查和处理。
- 如果按摩技师对公司的处理方式有异议，可以通过劳动争议调解仲裁机构进行调解或仲裁，甚至向人民法院提起诉讼。
行动建议：
公司方面：
- 尽快与按摩技师补签劳动合同，明确双方的权利和义务。
- 完善公司规章制度，确保内容合法、程序正当，并向员工公示或告知。
- 在处理违反规章制度的员工时，确保处理方式的合法性和合理性，避免引发劳动争议。
按摩技师方面：
- 如果认为公司的处理方式不合法或不合理，可以通过劳动争议调解仲裁机构进行调解或仲裁。
- 在处理劳动争议过程中，注意保留相关证据，如工资单、工作证、考勤记录等，以维护自己的合法权益。
法律依据：
- 《中华人民共和国劳动合同法》第七条、第十条、第八十二条等相关规定。
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