结论：在您签订过两次劳动合同，第三次不续签但又在申请工伤认定的情况下，是否离职需综合考虑多方面因素，包括工伤认定的进度、可能的赔偿情况以及您的个人职业规划等。以下是对此问题的详细分析：
一、工伤认定与离职的关系
工伤认定期间：在工伤认定期间，您作为受伤员工，有权享受相应的医疗待遇和停工留薪期。此时离职可能会影响您享受这些待遇，特别是如果工伤认定结果尚未出来，离职后可能难以再主张与工伤相关的权益。
工伤认定结果：如果工伤认定结果出来后，您被认定为工伤，那么您将有权根据工伤等级获得相应的赔偿，包括一次性伤残补助金、医疗费用、停工留薪期工资等。此时离职，您仍然可以主张这些赔偿，但需注意离职时间对赔偿计算的影响，如一次性工伤医疗补助金和一次性伤残就业补助金的支付可能与离职时间相关。
二、劳动合同不续签的影响
经济补偿：根据《劳动合同法》的相关规定，如果劳动合同到期不续签，且非因员工原因（如员工不同意续签但用人单位维持或提高劳动合同条件），用人单位应向员工支付经济补偿。经济补偿的计算标准通常与您的工作年限和月工资相关。
离职手续：无论是否因工伤原因离职，您都需要与用人单位办理离职手续，包括工作交接、社保转移等。在工伤认定期间离职，可能需要与用人单位就工伤赔偿事宜进行协商，并确保相关手续不影响您后续主张工伤权益。
三、综合建议
等待工伤认定结果：如果工伤认定尚未完成，建议您等待认定结果出来后再考虑离职问题。这样您可以更清楚地了解自己的工伤等级和应获得的赔偿，从而做出更明智的决策。
与用人单位协商：在离职前，您可以与用人单位就工伤赔偿事宜进行协商，确保双方对赔偿金额和支付方式等达成一致。这有助于减少后续纠纷，保障您的合法权益。
考虑个人职业规划：除了工伤认定和赔偿问题外，您还需要考虑自己的个人职业规划。如果离职后您能找到更好的工作机会或发展平台，那么离职可能是一个合理的选择。但如果您对当前工作满意或离职后可能面临就业困难等问题，那么可能需要谨慎考虑离职事宜。
行动建议：在做出决策前，建议您咨询专业律师或劳动仲裁机构，以获取更具体的法律建议和指导。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询，我将根据您的具体情况提供针对性的法律建议。