结论：在您工作三年发生工伤但未确认劳动关系的情况下，离职时间的选择需要谨慎考虑，一般建议在确认劳动关系并完成工伤认定和赔偿相关事宜后再离职，但具体还需根据实际情况权衡利弊。以下是从不同角度为您进行的分析：
一、法律角度
劳动关系确认的重要性：
- 在工伤赔偿案件中，确认劳动关系是前提和基础。只有确认了劳动关系，您才能进一步申请工伤认定，并享受相应的工伤保险待遇。
- 如果您在未确认劳动关系的情况下离职，可能会给后续的工伤认定和赔偿带来困难。因为离职后，您与原用人单位之间的劳动关系已经终止，再要确认之前的劳动关系可能会面临更多的举证难题。
工伤认定和赔偿的流程：
- 根据《工伤保险条例》的相关规定，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 如果用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
- 在工伤认定完成后，您还需要进行劳动能力鉴定，并根据鉴定结果享受相应的工伤保险待遇。
离职对工伤认定和赔偿的影响：
- 如果您在工伤认定和赔偿过程中离职，可能会影响您的工伤待遇享受。因为一些工伤保险待遇（如一次性工伤医疗补助金、一次性伤残就业补助金等）的支付，通常与您与用人单位的劳动关系状态有关。
- 此外，离职后您可能需要自行承担一些原本应由用人单位承担的费用（如医疗费、康复费等），这会增加您的经济负担。
二、实际角度
考虑治疗和康复的需要：
- 如果您目前仍在接受治疗或康复，建议暂时不要离职。因为离职后，您可能需要自行承担医疗费用，而且可能会影响您的治疗和康复进程。
- 在治疗和康复期间，您可以继续享受用人单位提供的工伤保险待遇，包括医疗费、康复费、住院伙食补助费等。
考虑与用人单位的协商和沟通：
- 在确认劳动关系和申请工伤认定过程中，您需要与用人单位进行协商和沟通。如果双方能够达成一致意见，可能会加快工伤认定和赔偿的进程。
- 如果您打算离职，建议与用人单位就工伤赔偿事宜进行充分协商，并达成书面协议。这样可以避免离职后因工伤赔偿问题产生纠纷。
考虑个人职业规划和未来发展：
- 除了法律因素和实际需要外，您还需要考虑个人职业规划和未来发展。如果您认为在当前用人单位无法获得更好的发展机会，或者已经找到了更适合自己的工作，那么离职可能是一个合理的选择。
- 但是，在做出离职决定前，请务必确保您已经确认了劳动关系并完成了工伤认定和赔偿相关事宜，以避免给自己带来不必要的麻烦和损失。
建议：
- 在确认劳动关系并完成工伤认定和赔偿相关事宜前，建议暂时不要离职。这样可以确保您能够充分享受工伤保险待遇，并避免离职后因工伤赔偿问题产生纠纷。
- 如果您确实需要离职，请务必与用人单位就工伤赔偿事宜进行充分协商，并达成书面协议。同时，请保留好相关证据和文件，以备不时之需。
- 如果您在工伤认定和赔偿过程中遇到任何问题或困难，请及时向我咨询。我会根据您的具体情况为您提供专业的法律建议和帮助。