结论：员工离职时在离职协议上写明自己不是工伤，离职后又申请工伤，工伤是否会认定，需根据实际情况判断，若员工确实符合工伤认定条件，即便离职协议中有相关声明，也不影响工伤的认定；若不符合工伤认定条件，则不会被认定为工伤。以下从不同角度进行分析：

一、工伤认定的基本条件

根据《工伤保险条例》的相关规定，工伤认定需满足以下条件：

1. 工作时间和工作场所内：员工在工作时间和工作场所内，因工作原因受到事故伤害的，应当认定为工伤。
2. 工作时间前后在工作场所内：员工在工作时间前后在工作场所内，从事与工作有关的预备性或者收尾性工作受到事故伤害的，也应当认定为工伤。
3. 工作时间和工作场所内，因履行工作职责：员工在工作时间和工作场所内，因履行工作职责受到暴力等意外伤害的，同样应当认定为工伤。
4. 其他情形：还包括因工外出期间，由于工作原因受到伤害或者发生事故下落不明的；在上下班途中，受到非本人主要责任的交通事故或者城市轨道交通、客运轮渡、火车事故伤害的等情形。

二、离职协议中的声明对工伤认定的影响

1. 离职协议的法律效力：离职协议是员工与用人单位之间就离职相关事宜达成的协议，具有法律效力。然而，离职协议中的声明并不能改变工伤认定的法定条件。
2. 声明不影响工伤认定：如果员工在离职后确实符合工伤认定的条件，即便离职协议中写明自己不是工伤，也不影响工伤的认定。因为工伤认定是由社会保险行政部门根据法定条件进行的，不受离职协议中声明的影响。
3. 可能存在的法律风险：如果员工在离职协议中签署了不真实的声明，而实际上又符合工伤认定的条件，员工仍然有权申请工伤认定。但需要注意的是，如果员工在签署离职协议时存在欺诈、胁迫等情形，可能会影响离职协议的效力，但这与工伤认定本身是两个独立的法律问题。

三、实际操作中的建议

1. 及时申请工伤认定：如果员工在离职后发现自己符合工伤认定的条件，应及时向社会保险行政部门申请工伤认定，并提供相关证据材料。
2. 保留相关证据：员工应保留与工伤相关的证据材料，如医疗证明、工作记录、事故现场照片等，以便在申请工伤认定时提供证明。
3. 咨询专业律师：如果员工在工伤认定过程中遇到法律问题或纠纷，可以咨询专业律师，以获取更具体的法律建议和帮助。

举例说明：假设员工在离职前在工作中受伤，但当时未意识到伤势的严重性，因此在离职协议中签署了“自己不是工伤”的声明。离职后，员工发现伤势加重，经医院诊断为工伤。在这种情况下，员工仍然有权向社会保险行政部门申请工伤认定，并提供相关证据材料。如果社会保险行政部门认定员工符合工伤认定的条件，那么员工就可以享受相应的工伤保险待遇。

最后，工伤认定是一个复杂的法律过程，需要综合考虑多种因素。如果您在工伤认定过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。