关于员工在入职时是否有义务告知公司自身的怀孕情况，这是一个涉及劳动者权益保护和用人单位知情权边界的问题。以下是我为您提供的详细解答：

首先，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位在招用劳动者时，有权了解劳动者与劳动合同直接相关的基本情况，如工作经历、学历、职业技能、职业资格以及健康状况等。然而，这并不意味着劳动者需要向用人单位披露所有个人信息，特别是那些与履行劳动合同无直接关联的信息。

怀孕情况，对于大多数岗位而言，并不属于与劳动合同直接相关的基本情况。它更多地是涉及劳动者的个人隐私和女性公民的基本权利。因此，在一般情况下，劳动者没有义务在入职时告知公司自身的怀孕情况。

进一步地，人力资源社会保障部、司法部、全国总工会、全国妇联等九部门曾联合下发通知，明确要求各类用人单位不得询问妇女婚育情况，不得将妊娠测试作为入职体检项目，不得将限制生育作为录用条件，也不得差别化地提高对妇女的录用标准。这一规定进一步强调了保护女性劳动者在就业过程中的平等权益，防止因婚育情况而受到不公平对待。

当然，也存在一些特殊情况。如果用人单位招聘的岗位确实不适合怀孕女职工（如第三级体力劳动、有毒或有放射性物质场所作业、高空作业、冷水作业、低温作业等），且在招聘时不是基于性别歧视等原因，明确告知了岗位特殊性及不适合怀孕女职工的岗位要求，那么应聘者在这种情况下应如实告知是否怀孕。这是为了保障怀孕女职工的身体健康和生命安全，避免她们从事不适合的工作而受到伤害。

综上所述，员工在入职时一般没有义务告知公司自身的怀孕情况。但如果应聘的岗位存在特殊要求，且这些要求与怀孕女职工的身体健康和生命安全密切相关，那么应聘者应如实告知。在任何情况下，用人单位都不得因女性劳动者的怀孕情况而拒绝录用或提高录用标准，这是违反法律法规和侵犯劳动者权益的行为。