结论：面对因工作不合格开除员工后被仲裁的情况，您需要积极准备应诉材料，证明开除决定的合法性，并考虑与员工协商解决的可能性。以下是从不同角度给出的详细分析和建议：
一、法律背景与依据
劳动合同法相关规定：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，劳动者严重违反用人单位的规章制度的，用人单位可以解除劳动合同。但这一条款的适用前提是规章制度必须合法、合理且已向劳动者公示。
- 同时，第四十三条规定，用人单位单方解除劳动合同，应当事先将理由通知工会。用人单位违反法律、行政法规规定或者劳动合同约定的，工会有权要求用人单位纠正。用人单位应当研究工会的意见，并将处理结果书面通知工会。
开除决定的合法性：
- 您需要证明员工确实存在工作不合格的情况，且这一情况严重违反了公司的规章制度。
- 您还需要证明公司的规章制度是合法、合理的，并且已经向员工进行了公示或告知。
二、应诉准备与策略
收集证据：
- 整理员工工作不合格的相关证据，如工作记录、考核报告、客户投诉等。
- 收集公司规章制度的文本，以及证明规章制度已向员工公示或告知的证据，如员工签字确认的规章制度学习记录、公司内部公告等。
准备应诉材料：
- 撰写答辩状，详细阐述开除员工的理由和依据，以及公司规章制度的合法性和合理性。
- 准备相关证据材料，包括员工工作不合格的证据、公司规章制度的文本及公示或告知的证据等。
考虑协商解决：
- 在应诉前，您可以考虑与员工进行协商，看是否能够达成和解协议，避免仲裁或诉讼带来的时间和成本消耗。
- 如果员工同意和解，您可以与员工签订和解协议，并按照协议约定支付相应的补偿或赔偿。
三、可能的法律后果与应对
如果仲裁裁决支持员工：
- 您可能需要支付员工违法解除劳动合同的赔偿金，赔偿金的标准为经济补偿标准的二倍。
- 您还可能需要承担仲裁费用和其他相关费用。
- 应对：如果对仲裁裁决不服，您可以在收到仲裁裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
如果仲裁裁决支持公司**：
- 您无需支付员工任何赔偿或补偿。
- 员工可能需要承担仲裁费用（如果仲裁裁决中有此规定）。
- 应对：虽然裁决支持了公司，但您也应关注员工是否会提起诉讼，并做好相应的应诉准备。
四、建议与提醒
加强规章制度建设：
- 确保公司的规章制度合法、合理且已向员工公示或告知，以减少因规章制度问题引发的劳动纠纷。
完善考核机制：
- 建立科学、合理的员工考核机制，确保考核结果的公正性和客观性，为开除员工等决策提供有力依据。
及时咨询专业律师：
- 在处理劳动纠纷时，及时咨询专业律师的意见和建议，以确保公司的决策和行动符合法律法规的规定。
面对因工作不合格开除员工后被仲裁的情况，您需要积极准备应诉材料，证明开除决定的合法性，并考虑与员工协商解决的可能性。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。