结论前置：关于旷工三天自动离职是否需要出通知书的问题，公司应当出具书面通知书给员工，以确保处理流程的合法性与合规性，并保障双方的合法权益。
公司方面流程与法律依据
考勤核实与内部沟通：
- 公司首先需通过考勤记录系统、打卡记录等多种方式核实员工是否连续旷工三天，确保事实准确无误。
- 核实后，将旷工情况通报给员工所在部门负责人，并填写离职审批表，提交给上级领导及相关部门审批。
通知员工与解除劳动合同：
- 审批通过后，公司应书面通知员工其已因旷工三天达到自动离职条件，明确指出旷工事实、公司依据的规章制度条款、自动离职生效日期等信息。这一步骤至关重要，它不仅是公司履行告知义务的体现，也是后续可能发生的法律纠纷中的重要证据。
- 通知方式建议采用邮件、EMS等可追溯的方式发送，以确保员工能够收到并确认通知内容。
- 同时，公司基于《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定，可以解除劳动合同。该条款明确指出，员工严重违反用人单位规章制度时，用人单位可以解除劳动合同。
离职手续办理与财务结算：
- 员工收到通知后，应按规定时间到公司办理离职手续，包括归还公司财物、交接工作、财务结算等。
- 公司应结清员工工资，并办理好社保手续，注意不能随意克扣员工工资，只能按事假扣发旷工当天的工资。
保留档案与资料：
- 公司应保留好员工的所有档案及相关资料，如完备的考勤表、离职审批表、通知书等，以备后续可能的法律纠纷。
员工方面应对建议
收到通知与确认内容：
- 员工应及时查看公司发送的自动离职通知，确认通知内容，并了解自身权益。
办理离职手续或提出申诉：
- 如对自动离职处理无异议，员工应按通知要求的时间和地点，准备好相关材料到公司办理离职手续。
- 如对自动离职处理有异议，员工可在规定时间内向公司提出申诉，说明情况和理由，并提供相应证据（如医院诊断证明等），寻求合理解决。
法律途径维权：
- 如果公司的规定不合理或不合法，或者公司在处理过程中存在违法行为（如未出具书面通知、未结清工资等），员工有权通过合法途径（如劳动仲裁、诉讼等）维护自己的权益。
法律依据与注意事项
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条，员工严重违反用人单位规章制度时，用人单位可以解除劳动合同。但这一条款的适用前提是公司的规章制度必须合法且已向员工公示或告知。
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第五十条，用人单位在解除或终止劳动合同时，应出具解除或终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。这一条款进一步强调了公司出具书面通知的义务。
- 公司在处理旷工三天自动离职时，必须确保规定符合法律法规要求，不能侵犯员工的合法权益。例如，不能随意扩大旷工的定义或范围，不能未经过合法程序就单方面解除劳动合同等。
- 员工在面对此类情况时，要积极与公司沟通，妥善处理相关事宜，并在必要时寻求法律援助。
综上所述，旷工三天自动离职时，公司应当出具书面通知书给员工，以确保处理流程的合法性与合规性。如果公司在处理过程中存在违法行为或侵犯员工权益的情况，员工有权通过合法途径维护自己的权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。