结论前置：企业不批准员工的加班申请，但员工实际加班的，企业仍需核算并支付加班工资。

详细分析：

1. 加班工资的支付依据：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，员工在法定工作时间之外进行工作的，企业应当支付加班工资。这一规定并不以企业是否批准加班申请为前提，而是以员工是否实际加班为判断标准。
   • 加班工资的计算通常基于员工的正常工资水平，并按照法定比例进行支付。例如，工作日加班通常支付不低于工资150%的加班工资，休息日加班且不能安排补休的，支付不低于工资200%的加班工资，法定节假日加班则支付不低于工资300%的加班工资。

2. 企业不批准加班申请的法律后果：

   • 如果企业不批准员工的加班申请，但员工仍然加班，企业不能因此免除支付加班工资的责任。因为加班工资的支付是基于员工实际加班的事实，而非企业的批准。
   • 企业若拒绝支付加班工资，员工有权向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁，要求企业支付应得的加班工资及可能的赔偿。

3. 实际操作中的建议：

   • 对于员工而言，如果企业不批准加班申请但自己确实需要加班，建议保留好加班的证据，如加班通知、工作记录、同事证言等，以便在需要时证明自己的加班事实。
   • 对于企业而言，应当建立合理的加班管理制度，明确加班的申请、审批和支付流程，避免因为管理不善而引发劳动纠纷。同时，企业也应当尊重员工的休息权，合理安排工作任务，避免不必要的加班。

特殊情况说明：

• 如果员工未经企业批准擅自加班，且这种加班并非企业工作需要或紧急情况下的必要加班，企业可能有权拒绝支付加班工资。但这种情况需要具体分析，且企业应当承担举证责任，证明员工的加班并非工作需要或未经批准。

总结与建议：

• 无论企业是否批准加班申请，只要员工实际加班，企业就应当核算并支付加班工资。
• 员工和企业都应当了解并遵守相关法律法规，避免因为加班问题而引发劳动纠纷。
• 如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议。