结论：员工擅自加班，用人单位仍需结算加班费用，但具体处理方式需结合实际情况和公司规章制度来综合判断。
法律分析：
加班费用的支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，无论加班是否经过用人单位的批准，只要劳动者实际提供了加班劳动，用人单位就应当按照法定标准支付加班费。具体标准为：延长工作时间支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
擅自加班的处理：
- 虽然员工擅自加班，用人单位仍需支付加班费，但这并不意味着用人单位对此无计可施。用人单位可以在公司规章制度中明确规定加班的申请和审批流程，以及未经批准擅自加班的处理措施。例如，可以规定未经批准擅自加班视为无效加班，不支付加班费，或者对擅自加班的员工进行纪律处分等。但需要注意的是，这些规章制度必须合法合规，且经过民主程序制定并公示，才能对员工产生约束力。
实际操作建议：
- 对于员工擅自加班的情况，用人单位应首先与员工进行沟通，了解加班的原因和必要性。如果加班是出于工作需要且确实无法避免，用人单位可以要求员工按照公司规章制度补办加班申请手续，并支付相应的加班费。如果加班是员工个人行为且未经批准，用人单位可以根据公司规章制度进行处理，但应确保处理措施合法合规，避免侵犯员工的合法权益。
可能后果：
- 如果用人单位拒绝支付擅自加班员工的加班费，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求用人单位支付加班费及可能的经济补偿。
- 如果用人单位的处理措施违反法律法规或公司规章制度，员工同样有权维护自己的合法权益，甚至可能因此引发劳动争议或诉讼。
建议：
- 用人单位应建立健全加班管理制度，明确加班的申请、审批和支付流程，确保加班管理的合法性和规范性。
- 员工也应遵守公司规章制度，合理安排工作时间和加班计划，避免擅自加班带来的不必要的麻烦和风险。
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