结论：土地性质变更后，是否仍应追究非法占用农用地，需根据具体情况判断，主要看非法占用农用地的行为是否发生在土地性质变更之前，以及变更后的土地用途是否合法。
分析如下：
非法占用农用地行为发生在土地性质变更之前：
- 如果非法占用农用地的行为发生在土地性质变更之前，且该行为已经构成了违法，那么即使后来土地性质发生了变更，原非法占用农用地的行为仍然需要被追究。因为土地性质的变更并不能改变之前非法占用的事实，也不能消除因此产生的法律责任。
- 法律依据：根据《中华人民共和国刑法》第三百四十二条：“违反土地管理法规，非法占用耕地、林地等农用地，改变被占用土地用途，数量较大，造成耕地、林地等农用地大量毁坏的，处五年以下有期徒刑或者拘役，并处或者单处罚金。”这一条款明确规定了非法占用农用地的刑事责任，且并未因土地性质的后续变更而免除。
土地性质变更后土地用途合法：
- 如果土地性质变更后，土地用途变得合法，比如从农用地变更为建设用地，并且已经获得了相应的审批手续，那么对于变更后的土地使用行为，一般不再追究非法占用农用地的责任。但是，这并不意味着可以忽视之前非法占用农用地的行为，如果之前的行为已经构成了违法，仍然需要依法处理。
- 特殊情况：如果土地性质变更过程中存在违法违规行为，比如未经批准擅自变更土地性质，那么即使变更后的土地用途看似合法，也可能因为变更过程的违法性而面临法律责任。这种情况下，非法占用农用地的行为与土地性质变更的违法性可能相互交织，需要综合考虑。
土地性质变更后土地用途仍不合法：
- 如果土地性质变更后，土地用途仍然不合法，比如仍然用于非农业建设但未获得相应审批，那么不仅变更后的土地使用行为可能构成违法，之前非法占用农用地的行为也仍然需要被追究。这种情况下，土地性质变更并不能成为逃避法律责任的借口。
建议：
- 对于涉及土地性质变更和非法占用农用地的问题，建议及时咨询专业律师，了解具体的法律责任和可能的法律后果。
- 如果已经存在非法占用农用地的行为，应尽快采取措施进行整改，比如恢复土地原状、补办审批手续等，以减轻或避免法律责任。
- 在进行土地性质变更时，应确保变更过程的合法性，遵守相关法律法规和审批程序，避免因为变更过程的违法性而引发不必要的法律纠纷。
总结：土地性质变更后是否仍应追究非法占用农用地的责任，取决于非法占用行为的发生时间、土地性质变更的合法性以及变更后的土地用途等多个因素。因此，在处理这类问题时，需要综合考虑各种因素，并咨询专业律师的意见。有问题可以直接向我咨询，我会结合你的具体情况给出更详细的法律建议。