当建设工程施工合同被认定为无效，但项目已经交付使用时，工程款的结算问题确实是一个需要细致处理的法律事务。以下是我为您详细梳理的工程款结算流程及相关法律依据：
一、法律依据与基本原则
首先，我们要明确的是，尽管合同无效，但工程款的结算仍需遵循一定的法律原则和规定。这主要包括《中华人民共和国民法典》第七百九十三条以及《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》中的相关条款。这些规定强调了工程质量与价款挂钩的原则，即合同无效不影响承包人因工程合格而获得的价款请求权。
二、工程质量合格时的结算方式
参照合同约定结算：
- 如果工程已经通过竣工验收，且质量合格，那么承包人有权请求参照合同约定的工程价款进行结算。这是基于公平原则，对承包人实际投入和建设成果的合理补偿。
- 例如，如果合同中约定了工程价款的计价办法和标准，那么在结算时，应主要参照这些约定进行。
根据实际履行情况调整：
- 如果在实际施工过程中，存在工程变更、材料替换等情况，导致实际履行与合同约定存在差异，那么应根据实际情况对工程款进行调整。
- 例如，如果因设计变更导致工程量增加，那么应按实际完成量结合合同单价来计算工程款。
三、工程质量不合格时的结算方式
修复后合格：
- 如果工程在验收时不合格，但经过修复后达到了合格标准，那么发包人可以要求承包人承担修复费用，并从工程款中扣除。
- 例如，如果某工程部分施工不符合标准，经验收不合格后，承包人进行了修复并再次验收合格，那么发包人可以在支付工程款时扣除修复费用。
修复后仍不合格：
- 如果工程经过修复后仍然不合格，那么承包人无权请求支付工程价款，并可能需要赔偿发包人因此遭受的损失。
- 例如，如果基础施工存在严重质量问题，即使经过修复也无法达到合格标准，那么承包人不仅无法获得工程款，还需要承担相应的赔偿责任。
四、没有约定或约定不明时的结算方式
参照市场价格：
- 如果合同无效且双方对工程价款没有约定或约定不明确，那么可以参照签订合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或标准进行结算。
- 例如，对于一些小型工程或口头约定的工程，如果发生纠纷，可以参照当地的市场价格或计价方法来确定工程款。
鉴定评估：
- 如果无法通过上述方法确定工程款，那么可以通过鉴定评估来确定数额。鉴定机构会考虑工程成本、市场行情等因素，作出合理的结论。
- 例如，对于一些特殊工程或复杂工程，如果无法适用现有的计价方法或标准，可以委托专业的鉴定机构进行评估。
五、处理建议与注意事项
- 确定工程质量：在结算工程款之前，首先要确保工程质量符合标准，这是作为结算依据的基础。
- 协商与调解：双方应尽量通过协商和调解来解决争议，避免法律纠纷的发生。
- 保留证据：无论是协商还是诉讼，都应妥善保管相关文件和资料作为证据，以便在需要时提供证明。
- 了解法律法规：熟悉相关法律法规和政策规定，有助于更好地维护自身权益并规避法律风险。
- 诉诸法律途径：如果双方无法达成一致意见，可以通过法律途径来解决争议，如向人民法院提起诉讼。
综上所述，建设工程施工合同无效后的工程款结算问题需要综合考虑工程质量、合同约定及实际情况等多方面因素。双方应保持冷静理性，通过协商、调解或法律途径来解决争议，并确保工程款的合理支付。