当建设工程施工合同被认定为无效时，工程款的结算确实是一个需要细致处理的问题。以下是我为您详细梳理的工程款结算流程及相关注意事项：

一、基本原则与法律依据

首先，我们要明确的是，尽管合同无效，但根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，如果建设工程经竣工验收合格，承包人仍有权请求参照合同约定支付工程价款。这一原则确保了承包人在实际投入和建设成果上的合法权益。

二、工程质量合格时的结算方式

1. 参照合同约定结算：

   • 只要工程通过竣工验收，质量合格，承包人就可以按照合同中的约定来请求支付工程价款。这是最直接也最常见的方式。
   • 例如，如果合同中明确规定了工程款的支付方式、时间和比例，那么在工程验收合格后，发包人就需要按照这些约定来支付。

2. 根据实际履行情况调整：

   • 如果在实际施工过程中，工程发生了变更，如设计调整、材料替换等，导致实际工程量与合同约定不符，那么工程款也需要根据实际情况进行调整。
   • 这种情况下，双方可以协商确定调整后的工程款数额，或者通过鉴定评估来确定。

三、工程质量不合格时的结算方式

1. 修复后合格：

   • 如果工程在初次验收时不合格，但经过修复后通过了验收，那么发包人可以要求承包人承担修复费用，并从工程款中扣除。
   • 例如，如果因为施工不当导致部分工程需要返工，那么返工的费用就需要由承包人承担，并从总工程款中相应扣除。

2. 修复后仍不合格：

   • 如果工程经过修复后仍然无法通过验收，那么承包人不仅无权请求支付工程价款，还可能需要赔偿发包人因此遭受的损失。
   • 这种情况下，承包人需要承担因施工质量问题给发包人带来的所有后果。

四、没有约定或约定不明时的结算方式

1. 参照市场价格：

   • 如果合同中没有明确约定工程价款，或者约定不明确，那么可以参照签订合同时当地建设行政主管部门发布的计价方法或标准来结算。
   • 例如，对于一些小型工程或者口头约定的工程，如果发生纠纷，就可以参照当地的市场价格来确定工程款。

2. 鉴定评估：

   • 如果无法通过上述方式确定工程款，那么可以通过专业的鉴定评估机构来进行评估。
   • 鉴定机构会考虑工程的成本、市场行情、施工难度等多种因素，来作出一个合理的工程款数额评估。

五、处理建议与注意事项

1. 确保工程质量：无论合同是否有效，工程质量都是结算工程款的首要依据。因此，双方在施工过程中都要严格把控质量关。

2. 协商与调解：在发生纠纷时，双方应尽量通过协商和调解来解决争议，避免法律纠纷带来的不必要损失。

3. 保留证据：无论是协商还是诉讼，都需要有充分的证据来支持自己的主张。因此，双方在施工过程中都要妥善保管相关文件和资料。

4. 了解法律法规：熟悉相关法律法规和政策规定，可以更好地维护自身权益并规避法律风险。

5. 诉诸法律途径：如果无法通过协商和调解解决争议，那么可以通过法律途径来解决，如向人民法院提起诉讼或申请仲裁等。

综上所述，建设工程施工合同无效时的工程款结算问题需要综合考虑多方面因素。双方应保持冷静理性，通过协商、调解或法律途径解决争议，并确保工程款的合理支付。