结论：病假3天扣满勤奖的合法性取决于用人单位的规章制度是否明确、合理且合法，以及员工是否知晓并同意这些规定。以下从不同角度进行详细分析：
合法情形
规章制度明确且合法：
- 若用人单位的规章制度或员工手册中明确规定，全勤奖的评定条件是员工在一个考勤周期内无任何缺勤、迟到、早退、请假等情况，且该规章制度是通过民主程序制定的，内容不违反法律法规的强制性规定，同时规章制度已向员工公示或告知，员工入职时已知晓并同意，那么员工请病假将不符合全勤条件，用人单位扣发全勤奖是合法的。
- 举例：某公司规定“当月无迟到、早退、旷工、请假记录者，可获得全勤奖”，员工请病假后公司依据该规定扣发全勤奖，此行为在法律上通常被认可。
员工同意扣发：
- 即使规章制度中没有明确规定，但如果员工在请病假时明确同意扣发全勤奖，或者事后对扣发全勤奖表示认可，那么这种扣发行为也是合法的。
不合法情形
规章制度不合理或不合法：
- 如果规章制度排除了劳动者的合法权益，如规定即使员工因患重大疾病按规定请病假也会扣除全勤奖，这种规定可能被认定为不合理地限制了劳动者依法享受病假的权利，属于无效规定。
- 若规章制度的内容与法律法规相冲突，如违反了《劳动法》等相关法律的规定，那么该规章制度中的相关条款也是无效的。
规章制度未明确规定：
- 如果用人单位没有在规章制度中明确全勤奖的评定标准和扣发条件，或者在劳动合同中也未对全勤奖作出相关约定，那么用人单位随意以员工请病假为由扣发全勤奖是缺乏依据的，属于不合法行为。
未告知员工规章制度：
- 即使规章制度本身合法且合理，但如果用人单位未将规章制度告知员工，或者员工入职时并不知晓该规章制度，那么用人单位依据该规章制度扣发全勤奖也是不合法的。
员工权益保护
- 如果员工认为自己的权益被侵犯，可以与用人单位沟通协商，要求补偿。
- 若沟通无果，员工可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。在申请劳动仲裁时，员工需要提供相关证据，如劳动合同、规章制度、考勤记录等，以证明用人单位的扣发行为是不合法的。
总结与建议
对于员工而言，了解并熟悉公司的规章制度至关重要。在入职时，应仔细阅读劳动合同和员工手册，了解全勤奖的评定标准和扣发条件。如果认为公司的规章制度不合理或不合法，可以向公司提出异议或寻求法律援助。对于用人单位而言，制定合理且合法的规章制度，并确保员工知晓，是避免纠纷的关键。在制定规章制度时，应充分考虑员工的合法权益，避免制定过于苛刻或不合理的条款。
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