结论：劳动合同中约定工资6000元，但每月预留1000元的做法是否合法，需根据预留的性质和目的来判断。若预留部分属于合法扣减（如社保、个税、法定赔偿等），则合法；若预留部分无法律依据或未经员工同意，则可能违法。

分析如下：

1. 合法扣减的情形：

   • 社保与个税：根据《中华人民共和国社会保险法》和《中华人民共和国个人所得税法》，用人单位有义务为员工缴纳社会保险费，并代扣代缴个人所得税。若预留的1000元中包含这部分法定扣减，且实际扣减金额与法律规定相符，则该预留行为合法。
   • 法定赔偿：在员工造成用人单位经济损失的情况下，用人单位可按照劳动合同的约定要求员工赔偿。但赔偿金额需合理，且需经过员工同意或依法定程序确定。若预留的1000元是作为未来可能发生的赔偿的预扣，且员工在签订劳动合同时已明确知晓并同意，则该预留行为可能合法。但需注意，预扣金额应合理，且在实际发生赔偿时，应按实际损失进行结算，多退少补。

2. 违法扣减的情形：

   • 无法律依据的扣减：若预留的1000元无法律依据，如用人单位自行设定的“风险金”、“保证金”等，则该预留行为违法。根据《中华人民共和国劳动合同法》第九条，用人单位招用劳动者，不得扣押劳动者的居民身份证和其他证件，不得要求劳动者提供担保或者以其他名义向劳动者收取财物。
   • 未经员工同意的扣减：即使预留部分有法律依据，但若未经员工同意或未在劳动合同中明确约定，用人单位也不得擅自扣减。根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。

法律建议：

• 对于员工：若发现用人单位存在违法扣减工资的行为，可先与用人单位协商解决；协商不成的，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
• 对于用人单位：应严格遵守相关法律法规，不得擅自扣减员工工资。如需扣减，应确保有法律依据，并在劳动合同中明确约定，同时经过员工同意。

可能后果：

• 对于员工：若用人单位违法扣减工资，员工有权要求用人单位补发工资，并可能获得相应的经济补偿。
• 对于用人单位：若违法扣减工资，可能面临劳动监察部门的处罚，包括罚款、责令改正等；同时，还可能因侵犯员工权益而承担民事赔偿责任。

如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。