大小周休息制度的合法性并非绝对，而是取决于具体的工作时间安排、总工时以及加班费的支付情况。以下是对此问题的详细分析：

一、法律规定的工作时间标准

根据《国务院关于职工工作时间的规定》及《中华人民共和国劳动法》，我国目前实行以下工时制度：

1. 每日工作时间：劳动者每日工作时间不超过8小时。
2. 每周工作时间：平均每周工作时间不超过40小时（部分法规提及不超过44小时，但实际操作中多遵循40小时标准）。
3. 休息休假：用人单位应当保证劳动者每周至少休息1日。

二、大小周休息的合法性判断

1. 工时未超法定标准

在大小周休息安排下，如果劳动者的平均每周工作时间未超过法定标准（即40小时或特定情况下的44小时），且用人单位保证了劳动者每周至少休息1日，同时符合其他相关劳动法律法规的规定，那么这种大小周的休息安排是合法的。例如，大周工作6天，但每天工作时长较短，如6.5小时，小周工作5天，每天工作相应时长，使得平均每周工作时长不超过法定标准。

2. 工时超过法定标准

如果大小周休息安排导致劳动者的平均每周工作时间超过了法定标准，那么超出部分就属于加班。此时，用人单位需按照《中华人民共和国劳动法》的规定支付加班费：

• 延长工作时间：安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的150%的工资报酬。
• 休息日工作：休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的200%的工资报酬。

若公司未能依法支付加班费，则构成违法行为。

三、实际案例与法律后果

以某公司实行的大小周制度为例：若大周工作6天，每天工作8小时，工作时长为48小时；小周工作5天，每天工作8小时，工作时长为40小时，则平均每周工作44小时（或按更严格的40小时标准计算为超时）。在这种情况下，超出的工作时间应视为加班，公司需依法支付加班费。若公司未支付加班费，劳动者有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求公司支付加班费及可能的赔偿。

四、建议与总结

1. 对于劳动者：

   • 若对自身工作安排有疑问或认为权益受到侵害，应及时与公司沟通协商。
   • 协商不成的，可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的权益。

2. 对于用人单位：

   • 应严格遵守劳动法律法规，合理安排工作时间和休息休假。
   • 若实行大小周休息制度，需确保总工时不超过法定标准，并依法支付加班费。
   • 建议制定明确的规章制度，明确调休的条件、程序等，并通过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定，向劳动者公示或告知。

大小周休息制度的合法性需根据具体情况判断，关键在于确保总工时不超过法定标准，并依法支付加班费。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。