结论：工厂安排员工上12小时班，中午休息1小时是否合法，需结合具体的工作时间安排、休息时间是否计入工作时间以及是否支付加班费等因素综合判断。以下从不同角度进行分析：
一、工作时间与休息时间的法律规定
根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者每日工作时间不超过8小时，平均每周工作时间不超过44小时。同时，用人单位应当保证劳动者每周至少休息1日。对于因工作性质或生产特点的限制，不能实行标准工时制的，可以实行不定时工作制或综合计算工时工作制，但需经劳动行政部门批准。
标准工时制下：
- 如果工厂实行的是标准工时制，即每日工作8小时，每周工作40小时（或平均每周不超过44小时），那么安排员工连续工作12小时显然超出了法定工作时间。
- 中午休息的1小时，如果明确不计入工作时间，且员工在此期间可以自由支配时间（如离开工作场所、进行个人活动等），则这部分时间不计入总工作时间。但即便如此，连续工作11小时（扣除休息时间后）也超出了法定每日工作时间。
不定时工作制或综合计算工时工作制下：
- 如果工厂经劳动行政部门批准实行不定时工作制或综合计算工时工作制，那么工作时间和休息时间的安排可以更加灵活。
- 但即便如此，用人单位也需确保劳动者的平均工作时间不超过法定标准，并依法支付加班费。
二、加班与加班费的支付
加班的认定：
- 根据《劳动法》第四十一条，用人单位由于生产经营需要，经与工会和劳动者协商后可以延长工作时间，一般每日不得超过1小时；因特殊原因需要延长工作时间的，在保障劳动者身体健康的条件下延长工作时间每日不得超过3小时，但是每月不得超过36小时。
- 如果工厂安排员工连续工作12小时，且未与员工协商或未获得员工同意，则可能构成违法延长工作时间。
加班费的支付：
- 根据《劳动法》第四十四条，安排劳动者延长工作时间的，应支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，应支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；法定休假日安排劳动者工作的，应支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
- 如果工厂安排员工加班但未依法支付加班费，则员工有权要求用人单位支付加班费，并可能因此向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。
三、实际操作中的建议
对于员工：
- 如果认为工厂的工作时间安排违法或不合理，可以与用人单位协商调整工作时间或要求支付加班费。
- 如果协商无果，可以向当地劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
对于用人单位：
- 应严格遵守《劳动法》及相关规定，合理安排员工的工作时间和休息时间。
- 如需延长工作时间或实行特殊工时制，应依法经劳动行政部门批准，并确保员工的平均工作时间不超过法定标准。
- 依法支付加班费，避免因此引发劳动争议。
总结：工厂安排员工上12小时班，中午休息1小时是否合法，需根据具体的工作时间安排、休息时间是否计入工作时间以及是否支付加班费等因素综合判断。如果工厂的工作时间安排违反了《劳动法》及相关规定，员工有权要求用人单位调整工作时间或支付加班费，并可以向劳动行政部门投诉或申请劳动仲裁。如有具体法律问题，可以直接向我咨询。