结论：工厂安排员工干12个小时休息36个小时的工时制度，是否合法需分情况讨论，但通常情况下，若未经特定程序和批准，这种安排很可能违法。

详细分析：

1. 法定工时制度：

   • 根据《中华人民共和国劳动法》的规定，国家实行的是劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是保障劳动者休息权益、维护劳动者身体健康的重要法律基础。

2. 加班时长的限制：

   • 如果工厂因生产经营需要延长工作时间，必须遵循严格的法律规定。经与工会和劳动者协商后，可以延长工作时间，但一般每日不得超过一小时；在特殊原因下，且需保障劳动者身体健康的条件下，延长工作时间每日也不得超过三小时，并且每月累计不得超过三十六小时。
   • 在您所描述的“干12个小时休息36个小时”的工时制度下，如果这12小时是连续工作，且没有相应的加班补偿或特殊审批，那么这种安排很可能超出了法律规定的加班时长限制。

3. 特殊工时制度的审批：

   • 值得注意的是，虽然某些特殊行业或岗位可能因工作性质或生产特点需要实行不同的工时制度（如综合计算工时工作制或不定时工作制），但这必须经过劳动行政部门的严格审批，并且必须确保劳动者的权益得到充分保障。
   • 如果工厂未经审批就擅自实行这种工时制度，那么这种安排就是违法的。

4. 劳动者的权益维护：

   • 如果工厂长时间安排员工每日工作超过法定时长，且未经审批，这明显超出了法律规定的正常工作时间和加班时长限制，构成了对劳动者合法权益的侵害。
   • 在此情况下，劳动者有权向劳动监察部门投诉，请求其对工厂的违法行为进行查处。劳动监察部门将依法进行调查，并要求工厂改正违法行为，同时可能给予工厂相应的行政处罚。
   • 劳动者还可以通过劳动仲裁委员会提起劳动仲裁，要求工厂支付加班工资、经济补偿等应得权益。

建议：

• 如果您或您身边的同事正在经历这种工时制度，且认为它不合法或不合理，建议您首先与工厂进行沟通，表达您的关切和诉求。
• 如果沟通无果，您可以向当地的劳动监察部门投诉，或者通过劳动仲裁委员会提起劳动仲裁来维护自己的权益。
• 在整个过程中，保留好相关证据（如工作记录、工资单等）是非常重要的，这将有助于您在维权过程中证明自己的主张。

可能的法律后果：

• 如果工厂被查实存在违法行为，可能会面临劳动行政部门的行政处罚，包括罚款、责令改正等。
• 同时，工厂还可能需要向劳动者支付加班工资、经济补偿等应得权益，以弥补劳动者的损失。

总之，工厂安排员工干12个小时休息36个小时的工时制度是否合法，需根据具体情况和法律规定来判断。如果您对此有疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。