工厂每天上班12小时，在未经特定程序和批准的情况下，是不合法的。以下是从不同角度的详细分析：
一、一般情况下的不合法性
根据《中华人民共和国劳动法》第三十六条的规定，国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。这是保障劳动者休息权益、维护劳动者身体健康的重要法律基础。因此，在常规情况下，工厂要求员工每天工作12小时，明显超出了法定的每日工作时间上限，构成违法行为。
二、特殊情况下的合法性分析
尽管一般情况下工厂每天上班12小时是不合法的，但在某些特殊情况下，这种安排可能合法：
综合计算工时工作制：
- 如果工厂因生产特点不能实行标准工时制度，经劳动行政部门批准，可以实行综合计算工时工作制。这意味着工厂可以在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间，但平均日工作时间和平均周工作时间应与法定标准工作时间基本相同。
- 在此情况下，即使某一天工作12小时，只要总周期内的工作时间不超过法定标准，也是被允许的。但企业实行此类工时制需经过劳动行政部门的审批，否则仍属违法。
不定时工作制：
- 对于工厂中的高级管理人员、外勤人员等因工作无法按标准工作时间衡量的职工，可实行不定时工作制。
- 在此制度下，企业可不执行每日工作不超过8小时的规定，但也需经过劳动行政部门审批。
加班的合法性：
- 用人单位因生产经营需要，可与工会和劳动者协商后延长工作时间，但一般每日不得超过1小时；特殊原因下每日不得超过3小时，且每月不得超过36小时。
- 如果工厂与工会和劳动者协商一致，并且支付了相应的加班工资，那么超出八小时之外的工作时间属于加班时间。例如，员工每日工作12小时，其中八小时为正常工作时间，另外四小时属于加班时间。只要每月总的加班时长不超过三十六小时，并依法支付加班费，这种安排在一定程度上是合法的。但需注意，即使协商一致，也不能违反法律规定的加班时长限制。
紧急情况下的例外：
- 在自然灾害、事故或其他紧急情况威胁劳动者生命健康和财产安全时，为紧急处理而延长工作时间不受上述限制。
- 但这种情况较为罕见，且必须严格遵守法律规定，确保劳动者的安全和健康。
三、法律责任与救济途径
- 法律责任：若用人单位违法安排劳动者延长工作时间，劳动者可向劳动行政部门投诉，由劳动行政部门给予警告、责令改正，并可处以罚款。同时，劳动者有权要求用人单位支付相应的加班工资，标准为不低于工资的百分之一百五十的工资报酬。
- 救济途径：劳动者可以通过劳动仲裁委员会提起劳动仲裁，要求工厂支付加班工资、经济补偿等应得权益。劳动仲裁委员会将依据事实和法律进行裁决，确保劳动者的合法权益得到保护。
四、建议与提醒
- 工厂方面：应严格遵守法律法规，合理安排员工的工作时间和休息时间，保障劳动者的合法权益。如需延长工作时间，应确保符合法律规定并经过相应审批程序。
- 劳动者方面：在面对工厂违法安排工作时间的情况时，应勇敢站出来，通过法律途径维护自己的合法权益。可以向劳动监察部门投诉或通过劳动仲裁委员会提起劳动仲裁。
综上所述，工厂每天上班12小时在未经特定程序和批准的情况下是不合法的。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。