结论：一方违约工程款支付协议时，可以申请仲裁解除协议，但需满足一定条件。以下从多个角度进行详细分析：
一、仲裁解除协议的法律基础
合同约定：
- 如果工程款支付协议中明确约定了仲裁条款，即双方同意在发生争议时通过仲裁方式解决，那么在一方违约时，另一方有权依据该仲裁条款申请仲裁解除协议。
- 仲裁条款通常包含仲裁机构的选择、仲裁规则、仲裁地点等关键信息，是申请仲裁的重要依据。
法律规定：
- 根据《中华人民共和国仲裁法》的相关规定，当事人采用仲裁方式解决纠纷，应当双方自愿，达成仲裁协议。没有仲裁协议，一方申请仲裁的，仲裁委员会不予受理。
- 同时，该法也规定了仲裁协议应当具有的内容，包括请求仲裁的意思表示、仲裁事项和选定的仲裁委员会。
二、申请仲裁解除协议的条件
违约事实的存在：
- 申请仲裁解除协议的一方需要证明对方存在违约行为，如未按照协议约定的时间、金额支付工程款等。
- 违约事实的存在是申请仲裁解除协议的前提和基础。
仲裁协议的有效性：
- 仲裁协议必须合法有效，即双方自愿达成、内容明确且符合法律规定。
- 如果仲裁协议存在无效情形，如一方在订立仲裁协议时处于无民事行为能力或者限制民事行为能力状态、仲裁协议对仲裁事项或者仲裁委员会没有约定或者约定不明确且双方达不成补充协议等，那么仲裁委员会将不予受理仲裁申请。
仲裁申请的及时性：
- 申请仲裁解除协议的一方需要在知道或应当知道对方违约后的一定时间内提出仲裁申请，以免超过仲裁时效。
- 仲裁时效的具体期限可能因地区或具体协议而有所不同，需要依据相关法律法规或协议约定进行确定。
三、申请仲裁解除协议的流程
准备仲裁申请材料：
- 包括仲裁申请书、仲裁协议、相关证据材料等。
- 仲裁申请书应当载明当事人的基本情况、仲裁请求、事实和理由等内容。
提交仲裁申请：
- 将准备好的仲裁申请材料提交给选定的仲裁委员会。
- 仲裁委员会在收到仲裁申请后，会进行审查并决定是否受理。
参与仲裁程序：
- 如果仲裁委员会决定受理仲裁申请，那么双方需要按照仲裁规则参与仲裁程序。
- 仲裁程序包括开庭审理、证据交换、辩论等环节，最终仲裁委员会会作出裁决。
四、可能面临的法律后果
仲裁裁决的效力：
- 仲裁裁决具有终局性，对双方当事人具有法律约束力。
- 如果一方不履行仲裁裁决，另一方可以向人民法院申请强制执行。
违约责任的承担：
- 如果仲裁裁决认定一方存在违约行为，那么违约方需要承担相应的违约责任，如支付违约金、赔偿损失等。
- 违约责任的承担方式可能因具体协议或法律法规而有所不同。
建议：在申请仲裁解除协议前，建议先仔细审查工程款支付协议中的仲裁条款和相关约定，确保仲裁协议的有效性。同时，收集并整理好相关证据材料，以便在仲裁程序中充分证明自己的主张。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。