可以起诉，但需根据具体情况判断起诉对象和诉讼请求。以下分情况详细说明：

1. 若对“自动离职处理决定”的合法性存疑，可起诉原单位
   根据《劳动争议调解仲裁法》第二条，因确认劳动关系、订立/履行/变更/解除/终止劳动合同等发生的争议，属于劳动争议范畴。若单位单方面作出“自动离职”处理决定（如未提前通知、未听取申辩、未出具书面解除证明等），可能涉嫌违法解除劳动合同。此时可向劳动仲裁委申请仲裁，要求撤销该决定、恢复劳动关系或主张违法解除赔偿金（2N倍月工资）。
   关键点：需在离职后1年内申请仲裁，并收集考勤记录、工资单、单位处理通知等证据证明单位程序违法。

2. 若因档案记载问题影响后续权益（如社保、再就业），可起诉档案保管单位
   根据《企业职工档案管理工作规定》第十八条，企业职工调动、辞职等应由单位在1个月内将档案转交新单位或就业服务中心。若单位未及时转档或错误记载“自动离职”（导致无法办理退休、领取失业金等），可向法院起诉要求档案保管单位（如原单位、人才市场）更正档案内容或赔偿损失。
   关键点：需证明档案错误与实际损失的因果关系（如因档案问题被新单位拒录的书面证明）。

3. 若单位已注销，可起诉股东或上级主管部门
   若原单位已注销且无财产承接主体，可依据《公司法》及相关司法解释，起诉单位股东（若未依法清算）或上级主管部门（如国企改制后的主管单位），要求其在未清算财产范围内承担责任。

行动建议：

• 第一步：向原单位或档案保管单位书面提出异议，要求出具处理依据并更正档案（留存邮寄凭证）；
  
• 第二步：若未解决，根据争议类型选择劳动仲裁或民事诉讼（档案纠纷一般直接起诉）；
  
• 第三步：同步向当地劳动监察部门投诉单位违法处理行为（可辅助仲裁/诉讼）。
  

如有具体材料（如处理决定书、档案摘录等），可进一步向我提供，我会帮你分析证据链和诉讼策略。