结论：本诉被告提出诉讼时效抗辩，而反诉被告没有提出诉讼时效抗辩时，法院可以分别对本诉和反诉的诉讼时效问题进行审查，并据此作出相应的裁判，但并不意味着法院会“同时适用”诉讼时效于本诉和反诉，而是分别独立审查。
分析说明：
诉讼时效抗辩的独立性：
- 诉讼时效抗辩是当事人针对对方诉讼请求提出的一种防御性主张，其核心在于主张对方请求权已因超过法定期间而丧失胜诉权。
- 在本诉和反诉中，双方当事人的诉讼地位是相对的，本诉被告和反诉被告分别针对对方的诉讼请求提出抗辩或主张。因此，本诉被告提出的诉讼时效抗辩仅针对本诉原告的请求权，而反诉被告未提出的诉讼时效抗辩（如果其认为反诉请求已过诉讼时效）并不影响本诉的审查。
- 反之，如果反诉被告认为反诉请求已过诉讼时效，其可以在反诉中独立提出该抗辩，法院将对此进行审查。
法院的审查义务：
- 法院在审理案件时，有义务对当事人提出的诉讼时效抗辩进行审查。如果本诉被告提出了诉讼时效抗辩，法院将审查本诉原告的请求权是否已超过法定诉讼时效期间。
- 同时，如果反诉被告在反诉中提出了诉讼时效抗辩（尽管用户问题中假设其未提出），法院也将对反诉原告的请求权进行同样的审查。但在此情境下，由于反诉被告未提出抗辩，法院通常不会主动审查反诉的诉讼时效问题，除非存在其他法定情形（如涉及公共利益等）。
“同时适用”的误解：
- “同时适用”诉讼时效的表述可能产生误解。实际上，法院并不会因为本诉被告提出了诉讼时效抗辩就“同时”对反诉也适用诉讼时效。诉讼时效的适用是针对具体请求权的，本诉和反诉的请求权是独立的，因此诉讼时效的审查也是独立的。
特殊场景：
- 如果本诉和反诉的请求权基于同一法律事实或具有紧密的法律关联，法院在审查时可能会综合考虑两者之间的关系，但这并不改变诉讼时效抗辩的独立性。例如，在某些合同纠纷中，本诉和反诉可能都涉及合同的履行、解除或违约等问题，但诉讼时效的审查仍然是针对各自独立的请求权进行的。
法律依据：
- 《中华人民共和国民法典》第一百八十八条规定：“向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。”该条款明确了诉讼时效的基本期间和适用范围。
- 《最高人民法院关于审理民事案件适用诉讼时效制度若干问题的规定》等相关司法解释进一步细化了诉讼时效的适用规则和审查标准。
行动建议：
- 作为当事人，如果认为对方的请求权已超过诉讼时效期间，应及时提出诉讼时效抗辩，并提供相关证据支持自己的主张。
- 如果对方提出了诉讼时效抗辩，应积极应对，审查自己的请求权是否确实已超过诉讼时效期间，并考虑是否存在诉讼时效中断、中止等法定情形。
- 在涉及本诉和反诉的复杂案件中，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议和策略指导。