工厂延时加班费在算法定节假日三倍工资时不需要扣除。以下是对此问题的详细解释：

法律依据与解释

根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条的规定，有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：

1. 安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
2. 休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
3. 法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。

从上述规定可以看出，法定休假日的工资报酬是独立计算的，与延时加班费（即正常工作日延长工作时间的加班费）是两个不同的概念。因此，在计算法定休假日的三倍工资时，不需要扣除之前已经支付的延时加班费。

具体计算方式

假设一个劳动者的日工资为W元，那么：

• 延时加班费：如果劳动者在正常工作日延长工作时间，其加班费为W × 150%（即1.5倍日工资）。
• 法定休假日加班费：如果劳动者在法定休假日工作，其加班费为W × 300%（即3倍日工资）。

这两部分加班费是分别计算的，互不影响。例如，如果劳动者在某个月内既有延时加班，又有法定休假日加班，那么其应得的加班费总额为：延时加班天数 × 1.5W + 法定休假日加班天数 × 3W。

实际应用中的注意事项

1. 确保加班记录的准确性：用人单位应准确记录劳动者的加班情况，包括加班日期、加班时长等，以便在支付加班费时有据可查。
2. 及时支付加班费：用人单位应按照法律规定的时间节点及时支付加班费，避免拖欠或克扣。
3. 保留相关证据：劳动者在主张加班费时，应保留好相关证据，如加班记录、工资条等，以便在发生争议时能够证明自己的权益。

总结来说，工厂延时加班费在算法定节假日三倍工资时不需要扣除。这两部分加班费是分别计算的，互不影响。如果用人单位在支付加班费时存在违法行为，劳动者可以通过法律途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。