在综合工时制下，计算延时加班费时，不需要减掉法定节假日已发放三倍工资的天数。以下是对这一问题的详细解释：

一、综合工时制的特点

综合工时制是指用人单位因行业特点或受季节等自然条件限制，需要安排劳动者连续作业，采取在一定周期内（如周、月、季、年）综合计算工作时间的工时制度。在综合计算周期内，某一具体日（或周）的实际工作时间可以超过8小时（或40小时），但综合计算周期内的总实际工作时间不应超过总法定标准工作时间，超过部分应视为延长工作时间，并按照规定支付加班费。

二、法定节假日加班费的支付

根据《劳动法》第四十四条的规定，法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。这一规定是强制性的，意味着在法定节假日工作的劳动者，无论其是否在综合工时制下，都应获得三倍工资的加班费。

三、综合工时制下延时加班费的计算

在综合工时制下，如果劳动者在综合计算周期内的总实际工作时间超过了总法定标准工作时间，那么超过的部分应视为延长工作时间，用人单位应按照不低于工资的百分之一百五十的标准支付加班费。这一计算过程与法定节假日是否已发放三倍工资无关。法定节假日的三倍工资是针对该特定日期的额外报酬，而延时加班费是针对超过法定标准工作时间的额外报酬，两者性质不同，互不影响。

四、举例说明

假设一个劳动者在综合计算周期内（如一个月）的总实际工作时间为200小时，而该周期内的总法定标准工作时间为176小时（假设每月工作22天，每天8小时）。那么，该劳动者超过法定标准工作时间24小时，这24小时应视为延长工作时间。如果这24小时中不包含法定节假日的工作时间，那么用人单位应按照不低于工资的百分之一百五十的标准支付这24小时的加班费。如果这24小时中包含了法定节假日的工作时间，并且该法定节假日已经按照三倍工资支付了加班费，那么这24小时中法定节假日的部分不再重复计算延时加班费，但剩余的非法定节假日工作时间仍应按照不低于工资的百分之一百五十的标准支付加班费。不过，在实际操作中，由于法定节假日的工作时间通常已经单独计算并支付了三倍工资，因此在计算延时加班费时，通常不会将法定节假日的工作时间纳入综合计算周期内的总实际工作时间中（或者即使纳入，也会在计算时予以剔除），以避免重复计算。但无论如何，法定节假日已发放的三倍工资天数不需要从延时加班费的计算中减掉。

综上所述，在综合工时制下计算延时加班费时，不需要考虑法定节假日是否已发放三倍工资的问题。如有其他疑问，可以直接向我咨询。