结论：员工未打卡但在工作岗位，用人单位以此为由开除员工是否合法及是否有赔偿，需根据具体情况判断。若用人单位规章制度合法且员工确实违反，则开除可能合法且无需赔偿；若规章制度不合法或员工未违反，则开除不合法且需支付赔偿金。
分析：
规章制度合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》及相关法律法规，用人单位有权制定规章制度来管理员工，但这些规章制度必须合法、合理且经过民主程序制定，并向员工公示或告知。
- 若用人单位的规章制度中明确规定了未打卡视为旷工，且该规定合法、合理，同时员工确实存在未打卡的情况，那么用人单位以此为由开除员工，在程序上可能是合法的。
员工行为是否违反规章制度：
- 即便规章制度中有关于未打卡的规定，也需要考察员工未打卡的具体原因。如果员工确实在工作岗位上，但因特殊原因（如设备故障、忘记打卡等）未能打卡，且能提供相应证据证明其确实在工作，那么用人单位不能仅凭未打卡就认定员工旷工并开除。
- 如果员工未打卡且无法提供合理理由或证据证明其确实在工作，那么用人单位可能依据规章制度开除员工。
开除的合法性与赔偿：
- 如果用人单位的开除行为合法（即规章制度合法且员工确实违反），那么用人单位无需支付赔偿金。
- 如果用人单位的开除行为不合法（如规章制度不合法、未向员工公示或告知、员工未违反规章制度等），那么员工有权要求用人单位支付赔偿金。赔偿金的计算通常依据员工在用人单位的工作年限、工资水平等因素确定，具体可参照《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条的规定：“经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。”若用人单位违法解除劳动合同，则需按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
建议：
- 对于员工而言，如果因未打卡被开除，应首先审查用人单位的规章制度是否合法、合理，并收集证据证明自己确实在工作岗位上。如果认为用人单位的开除行为不合法，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位支付赔偿金。
- 对于用人单位而言，应确保规章制度的合法性和合理性，并向员工公示或告知。在处理员工未打卡等问题时，应充分听取员工的解释和提供证据的机会，避免因程序不当或证据不足而引发劳动争议。
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