合同中约定开具发票由乙方承担税费是否合理，需分情况讨论，具体如下：

1. 从合同自由原则角度
   根据《民法典》第四百七十条，合同双方可就价款、税费承担等条款进行约定，只要不违反法律强制性规定（如偷逃税款），该约定具有法律效力。例如，若乙方在报价中已将税费成本纳入总价，或双方明确约定“税费由乙方承担”，则属于合法有效的商业安排。

2. 从税法强制性规定角度
   根据《增值税暂行条例》及《企业所得税法》，销售方（乙方）作为法定纳税义务人，必须依法申报并缴纳增值税、企业所得税等税款。若合同约定“乙方承担税费”但未明确具体方式，可能引发以下风险：

   • 税务合规风险：若乙方未实际缴纳税款，税务机关可能向乙方追缴税款及滞纳金，甚至处罚；
     
   • 合同履行风险：若乙方要求甲方额外支付税费，可能引发纠纷。
     建议：合同中应明确税费计算方式（如“含税价”或“不含税价”）、支付主体及时间，避免模糊表述。

3. 从公平性角度
   若合同标的为“不含税价”，且乙方通过提高报价将税费转嫁至甲方，此时约定“乙方承担税费”仅是名义上的，实际税负仍由甲方承担。此类约定可能因显失公平被撤销，尤其在双方议价能力不对等时（如格式合同）。
   建议：双方应基于真实成本协商价格，并在合同中注明“价款包含/不包含税费”，避免后续争议。

实务操作建议：

• 明确约定税费承担方式（如“乙方负责开具发票并承担因销售产生的增值税，税率按国家规定执行”）；
  
• 避免使用“包税”“税费由乙方全部承担”等模糊表述，防止被认定为偷逃税款；
  
• 若涉及跨境交易，需关注双重征税协定及国际税收规则。
  

如有具体合同条款或交易场景需要分析，可进一步向我说明，我会结合细节提供针对性建议。