结论：工资被扣然后补发是否违法，需根据具体情况判断。若用人单位扣发工资有合法依据且后续补发符合法律规定，则不违法；若扣发工资无合法依据或补发行为违反法律规定，则可能构成违法。以下从不同角度详细分析：
一、合法扣发工资后补发的情况
合法扣发工资的情形：
- 根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
- 若用人单位因劳动者违反规章制度、旷工、迟到早退等原因，按照合法制定的规章制度进行扣款，且扣款金额合理，不违反法律法规的强制性规定，也属于合法扣发工资。
补发工资的合法性：
- 若用人单位在合法扣发工资后，因某种原因（如误解、计算错误等）决定补发工资，且补发行为符合双方劳动合同的约定或法律法规的规定，则补发工资是合法的。
二、违法扣发工资后补发的情况
违法扣发工资的情形：
- 用人单位无正当理由扣发劳动者工资，如未按照劳动合同约定支付工资、未按时足额支付劳动报酬等。
- 用人单位扣发工资的金额超过法律法规规定的限额，如每月扣除劳动者工资的比例超过20%，或扣除后剩余工资低于当地月最低工资标准。
- 用人单位以非法手段扣发工资，如虚构事实、伪造证据等。
补发工资的违法性分析：
- 即使用人单位后续补发了工资，但如果其扣发工资的行为本身违法，那么该行为仍然构成违法。补发工资只是对违法行为的纠正，并不能改变其违法性质。
- 劳动者有权要求用人单位支付因违法扣发工资而产生的赔偿金或利息等额外损失。
三、法律建议
对于劳动者：
- 若发现用人单位扣发工资，应首先与用人单位沟通，了解扣发原因和依据。
- 若认为用人单位扣发工资的行为违法，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，维护自己的合法权益。
- 在维权过程中，应保留好相关证据，如工资条、劳动合同、扣款通知等。
对于用人单位：
- 应严格遵守法律法规的规定，不得无故扣发劳动者工资。
- 若因劳动者原因造成经济损失需要扣款时，应按照法律法规的规定和劳动合同的约定进行操作，确保扣款金额合理且不超过法定限额。
- 若因误解或计算错误等原因扣发了工资，应及时与劳动者沟通并补发工资，避免引发不必要的法律纠纷。
总结：工资被扣然后补发是否违法，需根据扣发工资的原因、金额以及补发行为是否符合法律法规的规定来判断。若您遇到此类问题，建议直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议。