结论：事业单位不批准符合条件的两地分居员工的探亲假，可能构成违法，但具体需结合员工是否符合探亲假的享受条件以及单位的具体规定来判断。
分析：
探亲假的法律依据：
- 根据《国务院关于职工探亲待遇的规定》，职工与配偶不住在一起，又不能在公休假日团聚的，可以享受探亲假。这一规定为职工享受探亲假提供了明确的法律依据。
享受探亲假的条件：
- 职工需与配偶不住在一起，且不能在公休假日团聚。这是享受探亲假的基本条件。
- 职工需工作满一定年限（如一年以上），具体年限可能因地区或单位规定而有所不同。
- 职工需提出书面申请，并经过单位批准。
事业单位不批准探亲假的可能情况：
- 员工不符合条件：如果员工不符合上述享受探亲假的条件，如与配偶同住或能在公休假日团聚，那么单位不批准探亲假是合法的。
- 单位规定或政策限制：某些事业单位可能根据自身情况制定了更为严格的探亲假政策，如限制探亲假的次数、时长或审批流程等。如果员工不符合这些规定，单位也可能不批准探亲假。但需要注意的是，这些规定不能违反国家法律法规的强制性规定。
- 单位管理或操作问题：有时单位可能由于管理疏忽或操作不当，导致符合条件的员工未能获得探亲假。这种情况下，员工可以通过与单位沟通或寻求法律途径来维护自己的权益。
法律后果与建议：
- 如果单位无正当理由不批准符合条件的员工的探亲假，可能构成违法。员工可以向单位提出异议，并要求单位按照法律法规的规定给予探亲假。
- 如果单位仍然拒绝批准，员工可以向当地劳动监察部门投诉或寻求法律援助，以维护自己的合法权益。
- 在此过程中，员工应保留好相关证据，如工作证明、与配偶的居住证明、探亲假申请及单位回复等，以便在需要时提供证明。
额外建议：
- 员工在申请探亲假前，应仔细阅读单位的规章制度和国家法律法规，确保自己符合享受探亲假的条件。
- 如果对单位的决定有异议，员工可以先与单位进行沟通协商，尝试通过内部途径解决问题。
- 如果沟通无果，员工可以寻求法律援助或咨询专业律师，以了解自己的权益和可行的法律途径。
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