关于加班超过12点如何计算的问题，这主要涉及加班时长认定、加班费计算以及特殊工时制度下的处理方式，具体如下：

1. 加班时长认定
   根据《劳动法》第四十一条，用人单位安排劳动者加班一般每日不得超过1小时，特殊原因下每日不得超过3小时，每月累计不得超过36小时。若加班超过12点，需结合具体加班时长判断是否合法：

   • 若当日加班时长未超过3小时（例如从20点工作至次日0点30分，实际加班4.5小时，但需扣除合理用餐休息时间），可能符合特殊情形下的加班时长限制；
     
   • 若明显超出法定时长（如连续工作至凌晨2点），则属于违法延长工时，劳动者有权拒绝并可向劳动监察部门投诉。

2. 加班费计算标准
   根据《劳动法》第四十四条，加班费需按以下标准支付：

   • 工作日加班：不低于工资的150%（例如日工资200元，加班4小时应支付200÷8×4×1.5=150元）；
     
   • 休息日加班：若未安排补休，需支付不低于工资的200%（如周六加班至12点后，日工资200元，加班4小时应支付200÷8×4×2=200元）；
     
   • 法定节假日加班：需支付不低于工资的300%（如春节当天加班至12点后，日工资200元，加班4小时应支付200÷8×4×3=300元）。
     注意：加班时长需以实际工作时间为准，扣除合理休息时间（如用餐、短暂休息），用人单位需保留考勤记录作为证据。

3. 特殊工时制度下的处理
   若劳动者适用不定时工作制或综合计算工时工作制，加班费计算方式不同：

   • 不定时工作制：一般无需支付加班费，但法定节假日加班仍需支付300%工资；
     
   • 综合计算工时制：以周、月、季、年为周期综合计算工时，周期内总实际工作时间超过法定标准部分，按150%支付加班费（法定节假日仍按300%支付）。
     关键点：用人单位需经劳动行政部门批准方可实行特殊工时制度，否则仍需按标准工时制支付加班费。

建议：若遇到加班时长争议或未足额支付加班费的情况，可先与用人单位协商，协商不成可向当地劳动监察大队投诉或申请劳动仲裁。如有具体案例或合同条款需要分析，可直接向我咨询，我会结合细节进一步解答。